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童贯传令王禀、刘锜分兵追击残余势力。
王禀率部南下，清剿叶尔羌河流域的反抗部落；
刘锜则西进，攻克莎车、英吉沙等战略要地。
宋军每收复一地，便立即设立安抚使司，任命大宋官员与归顺的部落首领共同治理该地，推行中原的户籍制度与农业技术，稳定当地秩序，同时，以缴获的钱财、土地、牧场招募当地的民众修建通往大宋的铁路和公路。
那些原本依附东喀喇汗王朝的部落，见东喀喇汗王朝大势已去，纷纷转投大宋，甚至主动出兵协助宋军清剿残敌。
阿赫马德汗被俘后，东部喀喇汗的残余贵族退守帕米尔高原边缘的蒲犁城，企图依托山地负隅顽抗。
王禀与刘锜合兵一处，率军翻越葱岭支脉，对蒲犁城形成三面夹击。
此时的残余守军已无战心，面对宋军的猛攻，仅坚守三日便溃不成军。
宋军生擒最后一批反抗的贵族，彻底瓦解了东喀喇汗王朝的统治根基。
经半年征战，大宋彻底平定东喀喇汗王朝全境，将喀什噶尔、七河、莎车等重镇纳入大宋版图。
此战，大宋既凭雷霆武力摧毁了抵抗势力，又以怀柔政策安抚了民心，使西域西部的局势迅速稳定，为大宋进一步经略中亚、抗衡西喀喇汗王朝与阿拉伯势力奠定了坚实基础。
赵俣得报了之后，重赏了所有有功之人，同时，派遣一批官吏和三千太学生，前往西域，治理西域，同时为进军中亚储备人才。
值得一提的是，赵俣有预谋地将自己的大量的儿子也派到了西域，让他们跟着治理西域，以及熟悉中亚地区，为之后的分封中亚做准备……
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