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翌日一早，沈一贯撰写奏疏弹劾沈念独揽朝纲。
小万历直接将奏疏留中，称此乃莫须有之事。
与此同时，司礼监的张诚、张鲸都非常老实，不敢有一丝涉政行为。
两日后。
都察院一众御史联名弹劾沈一贯有结党之嫌，并拿出了诸多证据。
小万历采纳沈念建议，罢黜沈一贯所有官职，勒令其回乡闲住，当日离京。
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二月，京察结束，沈念将整个京师的官员几乎换了一大半，换上了所有支持新政且有执行力的官员。
三月，沈念开始整顿地方吏治，重启考成法，对复发的土地兼并、废止的一条鞭法、给驿条例等重新整顿，并开始大力发展商贸，废除工商业上的苛捐杂税，彻底开放海禁，补充朝廷财政。
四月，沈念开始整顿京营，提拔亲信担任京营都督，将原有的十万人压缩到八万人，将精武学院培养出的将领委以重任，将除厂卫外的所有军权都掌控在内阁与兵部的手里，然后大力发展火器。
五月，沈念彻底罢黜东厂与锦衣卫的独立办案权，废除锦衣卫的侦查权，进一步扩大都察院的权力。
六月，沈念开始整顿宗室与勋贵，将诸多勋贵子弟调往边境任职，剥夺他们在京师的实际权力。
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沈念做这些，小万历无任何意见，因为此刻的他，心里根本没有大明江山，他只想着在后宫舒舒服服地享乐一辈子。
期间，沈念的一些霸道行为也引起了官员的不满，但他们只有两个选择，要么妥协，要么致仕。
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眨眼间，到了十月份。
在沈念近十个月的改革中，京师朝堂又有了朝气，整个两京十三省都朝着向好的方向发展。
甚至有人已开始称：沈阁老之功，当为相也。
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十一月初一，沈念在内阁会议上提出了一个新想法。
他认为，若想使得大明一直走向兴盛，靠人不如靠制。
他建议在京师成立大明廷议院，行省设立议事局，州府县乡设立议事所，由官员、士绅、工商从业者、百姓代表等共同组成，群策群议，监管官衙，任免官员，因地制宜施行新政，发展农工商贸，形成官民共治格局。
沈念此举，自然是为了增内阁之权，而逐渐架空皇权，让大明天下的士大夫权力由皇帝赋予变成制度赋予。
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