哈尔部的压迫，向东北迁移至嫩江流域，与女真部落产生频繁接触。
万历二十一年（1593 年），科尔沁部参与 “九部联军” 攻打努尔哈赤，战败后转而与后金联姻结盟，成为后金征服蒙古的重要助力，这也使得科尔沁部在后来的清朝获得了极高的政治地位。
2.右翼部落的崛起与明蒙关系转型：
右翼三万户中，土默特部在达延汗之孙俺答汗的带领下达到鼎盛。
俺答汗生于 1507 年，凭借勇猛善战与政治谋略，逐步统一了右翼各部，成为漠南蒙古最具实力的首领。
16 世纪中期，俺答汗多次率部南下，甚至在 1550 年发动 “庚戌之变”，突破明朝边防，兵临北京城外，迫使明朝开放马市。但长期的战争也让土默特部损失惨重，俺答汗逐渐认识到 “互市通好” 的重要性。
1571 年，俺答汗与明朝达成 “隆庆和议”，明朝封其为 “顺义王”，开放大同、宣府等 11 处马市，明蒙关系进入相对和平的 “封贡时期”。
俺答汗随后在今呼和浩特修建 “归化城”，作为与明朝贸易的枢纽，该城很快成为漠南蒙古的经济文化中心。
此外，俺答汗还积极引入藏传佛教格鲁派（黄教），邀请达赖喇嘛三世来蒙古传教，以宗教手段巩固统治，这一举措深刻影响了蒙古草原的文化格局。
俺答汗死后，其妻三娘子继续维护与明朝的和平关系，被明朝封为 “忠顺夫人”，史载 “三娘子主贡市者三十年，边氓无烽火之警”。
喀喇沁部由永谢布万户分裂而来，驻地在今内蒙古赤峰、辽宁朝阳及河北承德一带，地处明蒙边境的 “缓冲地带”。该部擅长与明朝进行 “茶马贸易”，同时兼具游牧与农耕混合经济特征，实力逐步增强。
16 世纪后期，喀喇沁部与右翼土默特部、左翼察哈尔部均有联姻，在漠南蒙古的政治博弈中扮演着 “平衡者” 的角色。
但在 17 世纪初，察哈尔部首领林丹汗（达延汗七世孙）试图重新统一蒙古，喀喇沁部因拒绝服从被林丹汗攻打，最终倒向后金。
鄂尔多斯部是达延汗三子巴尔斯博罗特的后裔，驻地在河套地区（今内蒙古鄂尔多斯市）。该部占据着水草丰美的 “河南地”，农业与畜牧业均较发达，同时控制着明朝延绥镇的边贸通道。
鄂尔多斯部与明朝的关系时战时和，万历年间曾多次参与俺答汗主导的封贡贸易，但在林
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