深推进时，遇到的抵抗才会降到最低，才能以最小的代价，最快的速度，平定全岛。
至于“全岛屠尽”的威胁，更多是心理战，他郑芝龙要的是一个能治理、能产出的东番，而不是一片死地。
事实证明，他的策略奏效了。
当明军稍作休整，开始分兵数路，向着热兰遮城、普罗民遮城等核心堡垒，以及岛屿其他有西夷据点的地区推进时，遇到的抵抗果然微弱了许多。
虽然仍有少数狂热分子、死硬派依托坚固的城堡，进行了绝望而顽强的抵抗，给明军造成了一些伤亡。
但大多数西夷士兵、商人、乃至普通移民，在目睹了海战的惨败、海滩防线的瞬间崩溃、以及抵抗者被无情屠戮的惨状后，早已被吓破了胆。
当明军兵临城下，或是进入他们的村镇时，许多人选择了开城投降，或是放弃据点，向山林、内陆逃散。毕竟，他们不是傻子，海上的舰队已经完了，陆上的精锐火枪手一触即溃，再抵抗下去，除了白白送死，没有任何意义。
就这样，从海战爆发到陆上清剿，激烈的战斗持续了整整一天一夜。
当第二天的太阳，从东番岛东方的山峦后升起时，郑芝龙的大军，已经基本控制了包括大员、赤嵌在内的西海岸主要平原地带，面积约占全岛的一半以上。
热兰遮城、普罗民遮城等核心堡垒，虽然尚未攻破，但也已被明军团团包围，成了风雨飘摇中的孤岛。
岛屿中部、东部、南部的山区和偏远海岸，因为道路崎岖、丛林密布，明军暂时无法迅速深入，但西夷在那里的据点本就稀少，且与西部主力失去联系，已成惊弓之鸟，平定只是时间问题。
接下来的几天，郑芝龙并没有急于强攻剩下的两座坚固城堡，而是双管齐下：
一边调集重炮，对城堡进行持续轰击和心理威慑；另一边，则派出手下能说些葡萄牙语或荷兰语的部下，以及部分被俘后愿意合作的人员，向城堡内喊话劝降，承诺只要放弃抵抗，交出城堡，可保性命，并允许其乘船离开。
同时，郑芝龙开始着手安抚地方，恢复秩序。
他严令各部，不得骚扰、抢掠已投降或未抵抗的西夷平民、商人、传教士，更不得伤害岛上的原住民以及早已在此垦殖的汉人移民。
他派出文吏，四处张贴安民告示，宣布大明王师收复东番，将设官治理，保护良善，恢复贸易。
对于主动配合、提供情报、或帮助维持地方秩序的各族头人、
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