主力第一舰队和第二舰队在江阴水战中被全数击沉，作为南京国民政府唯一一道拱卫京畿的水上屏障失守。
12月8日。蒋介石夫妇和军事顾问乘坐飞机离开南京去重庆，首都党政机关人员已经撤退到长沙武汉重庆三地，留下9万军人驻守，70万本地居民也愿意留下坚守金陵城。
很明显，南京城9万守军难以抵抗海陆空武器精良的23万日本华中方面军，蒋实质上已经放弃首都南京。
12月13日，日军渡过秦淮河，从中华门攻入南京城，南京沦陷。
南京沦陷后，侵华日军在城区进行长达六周的有组织预谋的大屠杀，兽性爆发，烧杀淫劫，无恶不作，骇人听闻，手段前所未有残忍，军官进行百人斩杀人比赛，大量战俘和平民惨遭杀害，遇难总人数超过30万。
南京日军从下关派出运煤车，到南京的大街小巷和附近村庄抓回许多妇女，然后将每个妇女分配给10名日本士兵，任凭士兵奸淫凌辱，稍有不服者，当场捅死，日本官兵在南京城内肆意蹂躏女性，一些被摧残后的女性被残忍破坏人体器官，弃尸街头。
南京日军系统性屠杀更加惨绝人寰，在草鞋峡，5.7万国军战俘与平民被集中于几处万人坑前，然后，被日军机枪扫射，再推入万人坑用汽油焚烧。在鱼雷营，9000余中国军民惨遭日军士兵刺刀挑杀。在中山码头，上万未乘船逃出的难民被日军赶到长江边，进行无差别射杀，尸体堵塞长江航道。
国军军官廖耀湘抓住一块木板，死里逃生渡过长江，才捡回一条命。
南京沦陷后，国际安全区委员会和各国驻华大使不断致信在南京的日本外交官，抗议日军在南京的暴行，抗议信中列举了大量日军零散屠杀的暴行。日军在安全区内日复一日的零散屠杀，在占领南京后持续了相当长的一段时间。除了放下武器的中国军人之外，许多平民百姓也在长达数周的零散屠杀中惨死在日军屠刀之下。
最终保守统计：日军在南京6周之内，屠杀中国军民30万有余。
落后就要挨打！崇尚武士道精神的日军只承认这一条从古至今的铁血法则，昏睡的东方雄狮至今尚未打醒。
惨绝人寰的南京大屠杀很快被曝光，震惊全世界，各国各地报纸争相报道。美国加州的刘秀，香港的刘邦，汉口的刘悟透，陕北的八路军，牛角镇的乡亲们，全球每个角落的华人华侨，都看报纸得知，瞠目结舌发现地大物博的中国百年至今仍然一个体质孱弱的东亚病夫，没有坦克飞机
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