何人不许擅自进入皇城。而商毅把自己的办公地点设在皇城南边的南京留守司。因为现在还不是自己称帝的时候，冒然住在皇宫里，恐怕又引起诸多的不便。
这时南京城里的清兵基本都清剿干挣了，而在战前被清军征调的百姓和民兵，只要是查实了身份，都被放出。不过就是这样，现在整个南京城里的居民也只有十多万人，比当时清军刚刚占领南京的时候，也好不到那里去，毕竟在一年时间里，连续经历了两场大战，南京也确实是元气大伤了。
而在未来的数年内，这里都可能会是自己的行政核心，因此从现在开始，也就要着手进行南京的重建工作，恢复南京昔日的繁荣。
商毅首先下令，各军仍然按自己进攻南京的方位，撤离出南京城去，在南京的外城驻扎，并且救治伤员、补充修整，而在南京城，只留第一军的第一、七两个师驻守，维持城中的秩序。
然后对南京城中现存的百姓进行登记造籍，并指定地方集中居住，以便于管理，同时对百姓的口粮和生活需求物资，按户籍人口，统一调备供应。而多余的地方都要空出来，慢慢向南京移居人口。同时也要求百姓们尊守秩序，凡事有趁乱抢劫、偷盗窃取者，一率严惩。
这一条令当然也受到了百姓们的一致拥护，因为清军守城时，把百姓家里的粮食、银钱、布匹、盐等等物资全部都搜刮走了，就连家俱都收去了不少，可以说现在绝大多数的百姓家里都是空空如也，家徒四壁。因此商家军向百姓们提供生活的资资供应，正好可以解了百姓们的燃眉之急。
同时有军队在南京城中维持治安，一般的地痞无赖之徒也不敢胡乱生事，加上生活得到了保障，因此南京城中的秩序也速度的稳定下来。
接着商毅又下令到杭州，首先以督师府的名议通告整个南方，南京己经被商家军收复，并让叶瑶瑱立刻安排，调一部份行政人员到南京来，恢复南京完整的行政机构，同时还要运送一批物资过来，保证南京这边军民的生活供应。并着令统战部立刻向山东下令，命令两支跨海作战的部队都要开始准备撤离了。
十一月十八日，商毅收到了消息，在广东、福建、江西三省的清将金声桓、觉罗巴哈纳、尚之孝三人合兵赶到救援南京。前锋人马已经到了徽州。
原来多铎的告急文书在一个月以前就发到了福建，这时金声桓己经回兵褔建，和觉罗巴哈纳一起向郑成功发动了进攻。并且首先攻克了彰州，随后从两面夹击泉州。这时己将泉州围住，眼看就要攻下来了。
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