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苏建林想赶到北门去找多铎，但还没等他出了玄武门，驻守北安门的清兵就己退到了皇城里面，苏建林也无法赶到北安门去寻找多铎，而是立刻与败退回来的清军展开了战斗。品书网
而这时在东安门，清军也向商家军发动了一次反击，为了掩护多铎逃走，虽然明知不敌，但屯齐还是带领人马，向攻进东安门的商家军发动了进攻。
但这也是在南京皇城里发生的最后战斗。
但这时谁都看得出来，清军的大势已去，只不过是垂死挣扎而已，清兵的斗志也十分消沉，两边的抵抗都没有支持太久，就立刻土崩瓦解，四路的商家军都己杀入了皇城，正在皇城里全面展开对清军的搜查和清剿，到外到是“放下武器，投降免死”的喊叫声，而清军在皇城里四处流窜，尽力躲避商家军的追击。除了一小部份人还继续负隅顽抗之外，大部份的清兵都选择了投降，也包括相当一部份满旗清兵。
毕竟除了少数的皇族宗室以外，大多数的满旗淸兵其实也是普通人，一开始守卫南京时，还有殉城、战死、为国尽忠的决心，但在经历了几天的激战之后，就是意志最坚定的满旗清兵也身心俱疲，面对着商家军黑洞洞的枪口和雪亮的刺刀，也都没有抵抗之心，纷纷扔下武器，举手投降。
而率领清兵向商家军发动最后攻击的屯齐，在战到最后，本打算自杀殉国，但被商家军的士兵一拥而上，打掉了用来自杀了佩刀，结果被商家军生擒活捉，成了俘虏。
商毅是在十六日清晨进入南京，这时皇城里的战斗己经基本结束了，士兵们正在清理皇城里的战场，扑灭燃烧的火焰，并且收容降兵和俘虏等等工作。不过在皇城外面，零星局部的战斗还在进行着，因为南京城实在是太大了，而且这时人口稀少，让清军有足够的空间躲藏，同时还有一部份清兵逃出了南京，在城外流窜，也给商家军的清尾工作带来了一些困难。等到全面肃清南京城里的清兵，己经是三天以后的事情了。
但这一切都不足以改变大局，整个南京地区这时也都已经被商家军全面收复。而这时距离商毅从南京撤离的时间，己经过去了十个月。
这次进攻南京的战斗一共进行了五天，商家军一共战死了二万四千一百七十三人，伤一万三千六百二十二人，而歼灭清兵四万一千三百八十八人，俘虏竟多达四万八千四百一十七人，这还不算被清军临时征调来的民兵。
这些民兵还剩余三万多人，经过鉴别之后，全部都释放了。其实鉴别
…。。