护卫舰都从秦淮河驶入，直逼清军的阵地。
当然舰队从外秦淮河驶入，也是有一定的风险，因为外秦淮河也是南京的护城河，离南京的城墙很近，如果淸军有足够的火炮，可以给舰队造成很大的杀伤，只是分派了城外的五个据点之后，清军在城內的火炮巳不足百门，加上一百五十多架抛石器，但都集中在东南的皇城一带驻守，因此虽然守城墙的士兵可以清楚的看到商家军的战船从自己的眼前驶过，但也拿它们毫无办法。现在派人去调火炮来，也来不及了。
清军的莫愁湖防线，是背倚外秦淮河而设的，因此等舰队驶入之后，清军防线的整个后背，也全都暴露在舰队的炮口之下。
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驶入外秦淮河的舰队中，有护卫舰十一艘，每艘船上备配火炮三十门左右，这时也一字排开，向清军背后开火轰击，其他装配了火炮的战舰，也都纷纷开火，没有装配火炮的战舰则发射霹雳火箭，或者用船上的管风琴枪射击。
虽然说清军有战壕可以藏身，但也不是所有人都能躲在战壕里，而且在战壕以內，还有帐蓬，临时搭建的房屋，仓库等等，被霹雳火箭一炸，顿时都燃烧了起来，而在阵地里的清军可就没有地方可躲了，被打得狼狈逃窜，甴其是那些被临时编制起来的民兵，那里见过这种阵反，只吓得哇哇的乱叫，四处找地方躲藏，谁的命令也听不进去了。而李思忠也急得满头大汗，但是却一筹莫展。
而第三师也趁机向清军的防线发动了地面进攻，李思忠在万般无奈之下，只得下令全军出击，和商家军进行白刃作战，否则根本就守不阵地了。
清兵纷纷杀出了战壕，和商家军展开了激战。但到了这个时候，清军的士气和斗志都己经被大大削弱，双方接战起来，清兵也完全不是对手，被杀得纷纷倒地身亡，而且在清军里面还参杂着不少被强征来的民兵，虽然被强逼得冲出了战壕，但没跑两步，就立刻转头向回头，或者还没等接战，就扔下武器，大叫着投降，他们的行为还带动了不少其他的士兵。结果本来是打算扩大兵力强征来的民兵，这时反到是成了战场上最大的隐患。
白刃战进行了不到一个时辰，清军就全面溃败，商家军趁势追击，占领了整个阵地，李思忠带领着一部份败军退回到南京城里。这一战一共歼灭了清军三千余人，而俘虏竟高达一万多人，其中大部份当然都是民兵。
战斗胜利之后，罗远斌一面下令重新组织阵地，分编看押俘虏，准备进攻南京城，一面派人向商毅告捷。
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