耶克和艾雅来到宝库中，在这里他们看到了一个巨大的金色地球模型，而巴耶克的好朋友，留在锡瓦的霍普扎法，为了保卫宝库，已经死在了这里。
巴耶克和艾雅分头行动，巴耶克刺杀弗拉维乌斯，拿到了伊甸碎片。在亚历山大港，巴耶克和艾雅再度聚首，
两个人都明白，他们必须为了更伟大的善行而牺牲自己的人生，在暗中刺杀那些罪有应得之人，化身为“无形者”，为新的信条而战。
巴耶克手中的老鹰头骨落在沙地上，印画出刺客组织的标志。
在最后一幕中，艾雅来到罗马的元老院议事厅，成为了第一个向凯撒刺出致命一剑的人。而后，元老院的其他人纷纷一拥而上。
布鲁图斯来到凯撒面前，凯撒说出了历史上那句经典的话：“即使是你也不认同我吗，我的孩子？”
然而，布鲁图斯回答凯撒的是冷冰冰的一刀。
“暴君已经死了，你们自由了！”
布鲁图斯高举着匕首大声呼喊，镜头逐渐拉高，躺在地上、浑身是血的凯撒头颅无力地歪到一边，气绝身亡。
在这之后，艾雅在罗马建立了刺客组织的据点，而巴耶克则是留在埃及发展刺客组织。
“我们来自黑暗，也必驻足于黑暗之中；人类不必永生，但信条必定长存。”
在剧情的最后，巴耶克站在高处看着艾雅的信件，塞努从远处飞来，落在他的右臂上。
前方再度出现了整个埃及绝美的远景，而此时画面中再度出现了游戏的名称和标志。
《刺客信条：起源》！