上古维序者，而这些人此时支持法老托勒密。于是埃及艳后和巴耶克夫妇的目标一致，正式合作。
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在列托波利斯，这个地方遭受着圣甲虫和沙暴的双重压迫。
巴耶克找到了列托波利斯的领袖塔哈卡，讨论如何找出“圣甲虫”的计划。巴耶克帮助塔哈卡打退了沙漠暴徒，然而在庆功宴上，塔哈卡却在酒里下药把巴耶克迷昏，把他埋在沙漠中等死。
好在巴耶克叫来了自己的坐骑，塞努把坐骑的缰绳交到了巴耶克的手中，这才成功脱险。
原来塔哈卡就是“圣甲虫”，他之所以在列托波利斯治理风沙并不是为了造福人民，而是在用隐形的身份寻找着这里埋藏的秘密。
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在追踪“鬣狗”的时候，巴耶克进入胡夫金字塔，发现“鬣狗”正在这里举行仪式，想要让自己的女儿死而复生。在被击败后，“鬣狗”还蛊惑巴耶克用伊甸碎片救活卡慕，但巴耶克并没有被蛊惑。
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而在主线任务中，关于埃及艳后、凯撒的历史画卷也随着剧情的推进而一步步展开。
埃及艳后本来想和庞培联合，当庞培的舰队在登陆的时候却被托勒密和上古维序者的部队伏击，全军覆没。埃及艳后克利奥帕特拉不得已决定和凯撒联合，夺回对埃及的统治权。
在巴耶克和艾雅的努力下，克利奥帕特拉成功和凯撒联合。在尼罗河之战中，巴耶克和艾雅的英勇奋战让凯撒的军队取得了胜利，托勒密被鳄鱼拖入了海底。
但此时，意想不到的剧情发生了，克利奥帕特拉只是给了巴耶克和艾雅一笔钱，但凯撒却要将法老托勒密的死归罪于他们，让他们成为背锅侠。
巴耶克、艾雅、塔希拉、弗希达斯等人重新聚首，他们都认为应该继续持续战斗保护人民的自由意志，兄弟会的雏形出现了。
埃及艳后与凯撒的联姻并没有给埃及带来和平，情况反而越来越糟糕。凯撒加入了上古维序者的阵营，而他的副手弗拉维乌斯，才是杀害卡慕的真正凶手。
公元前47年，巴耶克和艾雅为追查伊甸碎片回到锡瓦，发现百姓全都痛苦地倒在地上，之前在最初剧情中为巴耶克治伤的拉比亚也没能幸免。
原来，弗拉维乌斯使用神器让整个锡瓦的人全都被控制，他们已经先一步赶往宝库。这个宝库其实就是之前上古维序者不惜杀死卡慕和很多无辜埃及人也要打开的那个宝库，里面蕴藏着伊甸碎片的秘密。
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