入城后，司马懿屠十五岁以上男子七千多人，收集尸体，筑造京观。把公孙渊所任公卿以下一律斩首，杀死将军毕盛等二千多人。收编百姓四万户。同时，把公孙渊所任公卿的女眷分发给军队中没有娶妻的将领士卒。
将士谦让，把公孙渊的五个侍妾送给了司马懿，司马懿笑一笑，收在军中，随军。
司马懿释放了当年被公孙渊篡夺官位的公孙恭，又为被公孙渊迫害的纶直、贾范等人修了坟墓，表彰他们的后代。
下令说：“古代讨伐一个国家，仅杀其中顽固凶恶的人而已。各位被公孙渊所连累的人，全部宽恕（就是“首恶必办，协同无罪”）。中原人愿意返回故乡的，各随己愿。”
当时司马懿军中有的士兵衣单寒冷，请求发给短袄，司马懿不给，表示“襦者官物，人臣无私施也”。
于是上奏朝廷，把一千多名六十岁以上的士兵解除兵役，送返回乡。
在原定一年的期限内，胜利班师。
魏明帝派使者到蓟去犒劳部队，增司马懿食昆阳县，前后共二县。
曹魏数十年来辽东问题终于彻底解决。
…… ……
原本朝廷让司马懿便道往镇关中。但当到达白屋时，有诏书召他火速回京，三日之间，诏书五至。魏明帝手书说：“间侧息望到，到便直排阁入，视吾面”。
据说，司马懿在襄平时，曾梦见魏明帝枕在他膝上，说：“视吾面。”他俯视，见魏明帝面有异色。
如今一见诏书此语，大惊，乘追锋车昼夜兼行，从白屋到京城，四百多里，一夜而至。至则径人嘉福殿内御床旁边，满眼流泪，指问疾病。
魏明帝拉着他的手，目视太子齐王，说：“以后事相托。死乃复可忍，吾忍死待君，得相见，无所复恨矣。”（《三国志•魏书•明帝纪》为“吾疾甚，以后事属君，君其与爽辅少子。吾得见君，无所恨。”）
当天，魏明帝去世。时为公元239年（景初三年）正月。
齐王曹芳年仅八岁，司马懿乃与大将军曹爽一起接受遗诏辅佐少主。
齐王即位，司马懿任侍中、持节、都督中外诸军、录尚书事，和曹爽各统精兵三千人，共执朝政。
曹爽欲排挤司马懿，想让尚书奏事先通过自己，以便专权，向天子进言，改任司马懿为大司马。朝臣们认为以前大司马，有好多都死在任上，不吉，于是任命司马懿为没有实权的太傅，像萧何那样，入殿不趋，赞拜不名，
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