剑履上殿。
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正始二年（241年）四月，吴帝孙权分兵四路攻魏：卫将军全琮率军数万出淮南，威北将军诸葛恪攻六安，前将军朱然攻樊城，大将军诸葛瑾攻祖中。
五月，吴将全琮入侵芍陂，朱然、孙伦围攻樊城，诸葛瑾、步骘（zhì）侵掠柤中，司马懿自请出兵往讨。朝臣认为，敌兵远来攻坚，当待其自破，司马懿则说：“边城受敌人侵扰而大臣安坐庙堂，会使疆场骚动不安，众心疑惑，这是社稷的大忧患。”
六月，司马懿统军增援，司马懿知南方暑热低湿，大军不宜持久在此，先派轻骑挑战，朱然不敢动。于是，便休养土卒。检选精锐，招募勇士，发布号令，摆出攻城的架势。
吴军惊惧，连夜撤退。在三州口（荆、豫、扬三州），为魏军追及，吴军被歼万余人，船舰物资损失甚多。而进攻六安、柤中的吴军亦无功而还。
七月，增司马懿食郾、临颍，前后共四县，食邑万户，子弟十一人皆为列侯。司马懿功勋德望日渐盛大，然而却更加谦恭。
司马懿认为太常常林是同乡长者，见了他总要下拜。
常告诫子弟们说：“盛满是道家所忌的，春夏秋冬尚且往返推移，吾有何德能居此高位。减损再减损，或可以免于祸啊！”
此前，吴国派诸葛恪屯驻宛城，边人深以为苦。司马懿要率兵攻之，议者以为诸葛恪占据坚城，广有粮谷，孤军远攻，救兵必至，那时进退失据，未见其便。
司马懿却说：“贼所擅长的是水战，今我攻其城，以观其变化。贼若用其所长，弃城奔走，这是我们预定的目的。贼若敢固守城池，湖水冬浅，船不能行，救兵必弃船就陆相救，这就要进行他们不擅长的陆战，这对我们是有利的。”
正始四年（243年）九月，司马懿率军出征。军队到达舒城，诸葛恪果然焚烧积聚，弃城而走。司马懿又巡视淮北屯田区，提拔农家子弟邓艾主持屯田。
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正始五年（244年）春，大将军曹爽欲立威名，不听太傅司马懿劝止，力主伐蜀，魏帝从之。结果为蜀前监军、镇北大将军王平所败，魏军被阻于兴势，后方也军粮供应不上，牛马骡驴大量死亡，蜀涪县及费祎援军亦相继到达。
曹爽见不能胜，被迫听从司马懿的劝告，于五月率大军退还。遭蜀军截击，魏军苦战，始得退回，失散、伤亡甚众。
正始六年（245年）八月，曹爽废置中垒、中坚营，
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