甲仗、粮秣尽数清点，分给将士与百姓。岭南之地，尽入义军掌握。
然岭南暑热潮湿，北方士卒本就难以适应。不过月余，军中便爆发疾疫，死者十之三四，病榻之上，哀嚎遍野。诸将纷纷入帐请见，尚让面色凝重，拱手道：“大将军，我军多为北方人，久居岭南，非病即亡，终非长久之计。不如留偏师守岭南，主力北归，再图中原！”
黄巢望着帐外病卧的士卒，心中痛惜，却也知诸将所言非虚。他长叹一声，点头道：“也罢！留兵守岭南，主力北归。待我军休整完毕，必重返中原，直取长安！”
于是，黄巢留部将王重霸守广州，自率二十万主力，沿湘江北上。行至桂林，众人砍伐竹木，编成千数艘木筏，顺流而下。木筏连绵数十里，如一条巨龙穿梭于江面，沿途永州、衡州守将望风而降，义军一路畅通无阻，直抵潭州城下。
潭州乃湘中重镇，官军屯兵数万，守将是唐将李希烈。他见义军来犯，率全军出城迎战。两军于城外列阵，黄巢亲自擂鼓，鼓声震天，将士们奋勇向前。李希烈的官军本就士气低落，不堪一击，不过半日，便溃败而逃。义军趁势攻城，一举破城，杀官军数万，湘江之水，尽被染红，血流成川。
捷报传至江陵，时任荆南节度使、诸军都统的王铎，正于府中宴饮。听闻义军破潭州，直逼江陵，吓得魂飞魄散，手中酒杯“哐当”落地，酒液洒了满桌。他不敢停留，连夜率亲随弃城而逃，江陵城中无主，百姓大乱，义军不费一兵一卒，便占据江陵。
休整数日，黄巢率全军北上，欲经襄阳入关中。行至荆门，却遭山南东道节度使刘巨容伏击。刘巨容早有准备，于山林中设下伏兵，待义军进入埋伏圈，便万箭齐发，伏兵四起。义军猝不及防，死伤七八万，残兵溃不成军。
黄巢率残兵拼死突围，退至鄂州，又转战饶州、信州。一路收拢散卒，整军再战。数月之后，义军复振，部众又增至三十余万，声势再度浩大。
广明元年春，义军屯兵信州。此时军中再次爆发瘟疫，官军高骈部将张璘率精兵五万，前来进剿。张璘素有勇名，数次挑战，义军将士皆欲出战，黄巢却摇头道：“我军新遭瘟疫，士气低落，不宜硬拼。待官军疲惫，再寻机破之。”
他遂命人携带金帛，前往唐营诈降。张璘见义军送来财物，又听闻义军瘟疫严重，以为义军真要投降，放松了警惕。黄巢趁其不备，突然率全军突袭唐营，张璘猝不及防，被义军将士斩于阵前。高骈听闻爱将被杀，又知义军势大，
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