寇志》记：四月二十一日，自成屯永平，“使张若麒赴三桂军议和”。吴三桂提出归还太子二王、迅速撤离京城等条件。自成应允，“旋师至京，送太子赴军前”。
《流寇志》引许重熙《甲乙汇略》所记稍异，称和议出自三桂，“并请太子”。“自成命张若麒奉太子赴三桂军中，请各止战。
三桂约贼速离京城，即将太子即位。
自成如约就盟，遂旋师……三桂弃定王于永平，专奉太子整军东行，移檄远近。”
计六奇《明季北略》也引用此段，并说三桂传帖至京，“言义兵不日入城，凡我臣民为先帝服丧，整备迎候东宫”。
五月朔，“皇太子在三桂军中传谕，京中官民各宜整肃静俟。士民大喜相庆……
此外还有跟随李自成军东征劳累病死说，死于乱军说，被闯军杀害说，流落民间说，流亡日本说……
不下十几种说法。
综合各种说法，应该认为，农民军占领北京后，太子和二王，落到李自成手中，是比较可信的说法。
之后是随之东征，死于军中或者落入吴三桂手中，抑或是设法逃脱，流散民间，则不可考证。
随后，则是甲申年十一月，在北京爆发的“北太子案”。大致经过如下：甲申年冬十一月，有一个貌似太子的人，同常侍（即常进节）投嘉定侯周奎（太子外公）府中。后来被周奎出卖，献给清廷。说是他个假冒太子的人。
《甲申传信录》与佚名《鹿樵纪闻》、抱阳生《甲申朝事小纪》等比较，虽有文字详略之异，内容要点则同。
随后，清廷开始审理此案。
首先当然是要辨明真伪，据史料记载，当时内监常进节、杨玉、曾侍卫太子的锦衣卫校尉十人、指挥李时荫等都称其真。
大学士谢升，冯铨，洪承畴，晋王朱求桂，崇祯的贵妃袁氏，则称其是假。曾被崇祯亲自斩断一臂但大难不死的长公主长平公主（此时养在外公周奎家），也说他不是真的。
清廷很快就以“假太子”的名义，将太子杀害。
随后，十二月，对指认太子为伪的证人，颁发重奖：“大学士冯铨、谢、洪承畴等各黄金二十两、白金一千两、嵌宝金钟盘二副、螺钿盒二架、玉壶一执”礼部侍郎孙之獬等二十余人“鞍马各一匹”。
对指认为真的证人，则痛下杀手，包括李时荫、杨博、杨时茂、常进节、杨玉各斩决。
更值得注意的是，一开始被清廷指派审理此
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