“肃逆司”在他的直接领导下，高效运转。依据缴获的密信账册及俘虏口供，顺藤摸瓜，在北境军政两界展开了一场毫不留情的清洗。凡与慕容烈勾结密切、罪证确凿者，无论官职高低，背景如何，一律拿下，依律严惩，该杀的杀，该流放的流放，家产充公。短短一月之内，北境上下，从铁壁关到各边镇，从军队到地方衙门，被抓捕、处理的各级官员、将领超过百人，抄没的贪腐钱粮、田产、珍宝不计其数，极大地震慑了官场，也充实了原本近乎空竭的府库。
叶深并非一味滥杀。对于罪行较轻、或有被迫情节者，给予戴罪立功的机会。对于能力尚可、但被慕容烈压制不得升迁的官员，则酌情提拔任用。他深知水至清则无鱼的道理，在严惩首恶、肃清风气的同时，也注重维持官场的基本运转，避免人人自危，政局动荡。成王风继业在此过程中发挥了重要作用，以其老道的政治经验，协助叶深平衡各方势力，安抚人心，使得这场风暴般的清洗，并未引起大规模的反弹，反而让北境官场风气为之一清。
二、重整军备，汰弱留强。
军权是叶深立足北境的根本。在柳青、赵锋等人的具体操办下，对北境各路兵马进行了大规模的点校、整编。吃空饷、冒名顶替者，一律清除，并追缴赃款。老弱病残，酌情发放抚恤，令其归乡。克扣军饷、虐待士卒的军官，严惩不贷。同时，重新核定各级军官的职衔、待遇，严格按照军功、能力晋升，打破了慕容烈时期任人唯亲、论资排辈的陋习。
叶深亲自参与新军制的制定。借鉴镇魔军的成功经验，推行“精兵”政策。从各军中选拔勇悍忠诚、根底清白的士卒，补充进镇魔军，进一步扩大这支嫡系精锐的规模。同时，以北境边防军为骨干，重新编练“北境卫戍军”，分为步、骑、弓、工、斥候等各营，统一号令，加强操练。军饷、粮草、甲胄、兵器的供应，由都督府直接掌控，设立专门机构负责，确保足额、及时发放，杜绝中间克扣。
针对黑石峪慕容枭所部三万兵马，叶深采取了“围而不打，分化瓦解”的策略。一方面，命风凌羽率精锐骑兵与周边军镇对其形成战略包围，切断其与外界联系及补给；另一方面，派能言善辩之士，持慕容烈通敌铁证及朝廷赦免诏书（叶深请成王奏请朝廷下发），日夜在营外喊话，揭露慕容烈罪行，宣布只惩首恶慕容枭，胁从不同，并许以重赏，号召士卒弃暗投明。同时，暗中联系军中不满慕容枭的将领，许以高官厚禄。在军事压力、政治攻势、利益诱惑三重打击下，黑石峪叛军军心
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