技术操作和数据。这显然无法容纳格物院所强调的实证知识、技术流程、定量数据和那些全新的、不见于经传的概念。
围绕体例，修典馆内爆发了激烈的争论。传统派的副总裁、大儒们坚持沿用旧类书体例，将新技术、新知识拆散，附会于传统的“天部”、“地部”、“器用部”等条目之下，作些点缀即可。而以李瑾为首的格物院派，则坚决要求设立全新的、独立的部类，按照知识的自身逻辑和实际应用来分类编排。
“《开元宝典》，当为‘典’，而非‘类书’！” 在一次激烈的总纂会议上，李瑾力排众议，“类书辑录旧文，供词臣獭祭；宝典当立新规，为万世法式！若依旧例，则新式帆索之制，该入‘舟车’还是‘器用’？蒸汽之力原理，该入‘天象’还是‘巧艺’？新式炼钢法，是归‘金铁’还是‘方技’？如此强附，非驴非马，后人何以查考，何以习用？”
他提出了自己酝酿已久的全新分类框架——“三层两翼”结构。
“三层者：道、法、术。” 李瑾阐述道，“道，为根本原理，如算学之公理、格物之力学、化机之变化本质、天地运行之规律（暂以浑天、宣夜诸说并存）。法，为规律方法，如各种算法、实验之法、观测之法、推演之法。术，为应用技艺，如舟车制造、军械火器、农工之法、医药之术。”
“两翼者：用、流。” 他继续道，“用，载其实际应用、操作规程、数据图表，务求详尽，可依样施行。流，述其源流演变、各家异同、未解疑难，以启来者。”
“具体部类，当打破经史子集之藩篱，依学理与实用重分。” 李瑾最终抛出了他设计的、融合了传统与创新的分类目录，共分十大门类，下辖百余子目：
1. 经史大义门（仍收传统儒家经典及历史，但强调经世致用的注解，并增“域外史地”子目，收录《坤舆万国全览草图》及说明，海外诸国风土志）。
2. 诸子百家门（收录儒、道、法、墨、名、农、兵、阴阳等诸子著作，并增“新学滥觞”子目，收录格物院新出之理论文章、假说探讨，如“日心说”之辩论文稿，仅作为一家之言收录）。
3. 天象历算门（分天文、历法、算术三大部分。天文部不仅录传统星象分野、占验之说，更以大量篇幅收录司天台、格物院地舆馆最新观测数据、星图、仪器制法，并列浑天、宣夜、日心（作为假说）诸说。算术部则以新符号、新方法系统整理《九章算术》等，并加入李瑾引入的几何、代数初步知识，强
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