段後，进程开始加速。
虫群的组织度在之前的消耗战中遭受重创，残余力量退守至星球上几处最大的地下巢穴网络。
这些巢穴节点通常位於地质结构复杂、菌毯覆盖最厚的区域，往往是山脉腹地、深峡谷底或巨大的天然溶洞系统。
人类部队以重型装备为先导，配合空中力量和轨道打击，逐一清理这些区域的地表部分。
喷火器与热熔炸弹焚烧菌毯，钻地弹与重型爆弹破坏暴露的有机结构。
工程单位随後跟进，建立前哨站和封锁线，切断这些巢穴节点与外界的地表联系，并开始向下挖掘或爆破，开辟进入地下网络的通道。
战斗转入地下後，环境变得极为恶劣。
通道狭窄曲折，能见度极低，充斥着有毒孢子和腐蚀性粘液。
虫群的防御更加顽强，利用地形进行伏击，潜伏者、破坏者等擅长地下作战的单位频繁出现。
但人类部队同样有所准备。
配备了强光探照灯、密闭循环维生系统和震动传感器的陆战队员组成突击队形，在加装前铲和巷战套件的攻城坦克支援下，一步步向深处推进。