测试当日，松代试验场笼罩在一片例行公事的严肃氛围中。
明日香独自驾驶著运输机抵达，按照流程完成了各项准备工作。
她穿著熟悉的驾驶服，步伐带著一贯的自信，坐入了eva三號机的插入栓。
舱门闭合，lcl液体缓缓注入，她调整著呼吸，准备执行这次看似简单的武器测试任务。
想到自己“帮”了綾波丽和那个笨蛋真嗣一个小忙，她嘴角甚至不自觉地勾起一丝微不可察的弧度。
然而，命运的剧变往往发生在最平常的时刻。
三號机启动指令下达，机体各部系统依次激活。
但就在动力核心达到预定输出閾值的瞬间，异变陡生！
驾驶舱內的明日香还未来得及反应，一股狂暴而陌生的意识洪流便如同决堤的洪水，瞬间衝垮了三號机原有的控制系统，也猛烈地衝击著她的精神。
“呜——！”明日香发出一声痛苦的闷哼，试图夺回控制权，但她的指令如同石沉大海。
外部观测屏幕上，三號机的姿態变得异常，关节发出不自然的扭曲声，原本流畅的装甲下仿佛有某种异物在蠕动、膨胀。
紧接著，三號机的头部猛地向上抬起，发出了一声绝非人类、也非eva应有的、充满褻瀆意味的尖锐嘶鸣！
第九使徒，成功夺取了eva三號机的控制权。
“三號机失控！信號识別为————使徒模式！”试验场的警报悽厉地响起，观测数据瞬间乱码，和平的测试场顷刻间化为混乱的漩涡。
nerv总部指挥中心，刚刚还带著些许轻鬆的气氛瞬间冻结。
葛城美里一拳砸在控制台上，脸色铁青：“立刻终止测试！强制弹出插入栓！“
“不行！弹出系统失效！三號机————不，是使徒，它隔绝了所有外部指令！”操作员的声音带著绝望。
“让零號机出击！”美里立刻下令。
“零號机仍在修復中，无法启动！”技术人员的回答击碎了最后的希望。
唯一的选项，只剩下初號机。
此时，正满怀期待的想要去赴与父亲之间久违的父子局的碇真嗣，被紧急通讯截停，要求他立刻赶往最近的地下入口，准备驾驶初號机出击。
“又是使徒————偏偏是今天————”真嗣咬著牙，一股难以言喻的怒火在他心中燃烧。
这怪物毁掉了他好不容易才鼓起勇气去尝试的、与父
…。。