尤其是军队，此前五大都督只需各自负责一面，也一直能肩负方面之任，但现在争霸到了这个阶段，天下诸势力也开始了吞并壮大，就必须要几个都督府一起配合才行。
而原有的军院，因为部门少，又只是一个外臣的机构，所以很难在这个方面做好协调。
於是，今年秋的时候，赵怀安命王铎、张龟年、薛沆等人，参照唐制，并结合保义军现状，确定一套新的大都督府系统，并且重新厘定了一套完整的军中品秩体系。
而这套品秩依旧沿用唐代九品三十阶的框架，从正一品到从九品，每品分正、从，正从之内又分上、下阶，但保义军又根据自己的实际情况做了调整。
此前，五大都督分四方，然後又都隶属於军院，但现在，赵怀安将军院改名为大都督府，确定为吴藩最高军事指挥机构，节制所有内外军事力量。
而赵怀安则以吴王之尊，自领大都督，总领全藩兵马，於是整个大都督院的权力级别一下就提了上去。
其下设五军都督、牙卫都督、海军都督各一人，为正二品，是大都督的副长官，也是各自系统的正官，分别负责五大外军，十二大衙内卫军，及全藩四大江海水军。
同时，以後的各地都督也有了地方可以升迁，就是到大都督府中任职相应的都督。
这里暂不提及海军，因其仍在建设中；目前最完善的是五军都督和十二卫率，前者为从二品，後者为正三品机构。
其中大都督府又有职能部门，分别是，承宣厅、参赞院、军政铨叙司、军储保障监、军器营造监、校阅教习司、军籍徵发司、军纪风宪院、军赋勾稽署、中枢庶务司等十个部门。
这些部门全都是正三品衙署。
军队的文书传达、与五大都督的协调、参赞军机决策、将吏铨选考核、军功旌表、营中思想教化、全军粮草被服、营舍辎重、粮饷俸银的调度储备和後勤供给；各类兵器甲仗、攻防器械的研发、督造、配发全军；还有日常新军训练、校阅考核、徵兵募兵、整肃军纪、监察将佐、弹劾贪腐违制，查处军中重大违纪案件、核查全军钱粮饷钱收支，以及日常杂项，全都涵盖在内。
可以说，大都督府的这十个职能部门就是全部支持五大都督府和十二卫率，还有海军等一线作战单位的支持部门。
类比於，一线的卫、都、营是各个块，而大都督府的十大职能部就是条，然後从上到下一杆子插入各层块上，真正做到对全藩军力的监督、支持、管理。
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