结束，战后三方各有诉求：
议会内部的长老派希望与国王达成妥协，保留君主制，只要查理一世接受限制王权的条件，并允许议会控制部分国家事务，他们便愿意结束战争、遣散军队；
而新模范军中的独立派吃过国王反复背叛的亏，坚决要求严惩国王；
苏格兰盟约派则担心英格兰清教徒势力太过强大，反而打算支持查理一世复位，以换取全英推行长老教会。
三方角力之下，一六四七年，查理一世从囚禁地逃出，秘密联络苏格兰，许诺了种种条件。
次年各地保王党叛乱再起，苏格兰军队也越过边境进入英格兰，第二次内战就此爆发。
但这一次，议会手中已经拥有一支经历过战争考验的新模范军。克伦威尔率军迅速北上，在普雷斯顿战役中击溃苏格兰入侵部队；费尔法克斯则负责平定南方的保王党叛乱。
两路军队迅速压制了各地的反抗，第二次内战很快便以议会派的胜利告终。
连续两次遭到国王背叛之后，新模范军中的强硬派终于认定，只要查理一世仍然活着，王室便会不断利用宗教、贵族和外国势力重新发动战争。
于是，军队中的独立派开始向议会施压，清除那些仍希望与国王和谈的议员，剩余议员组成后来所谓的残余议会。
最终，斯图亚特王朝的查理一世被押上高等法庭受审，以叛国罪判处死刑，在白厅广场被当众斩首。