就在北方大地天翻地覆的同时，南方各省也陷入了无休无止的争执中。
这场争执的核心，无关抗敌复土，无关安抚百姓，而是聚焦於一个最迫切也最敏感的问题一社稷不可一日无主，到底该拥立哪位宗室承继大统。
南京朝堂之上，两大阵营针锋相对。
凤阳总督马士英纠集了一批勋臣、太监，秉持「立亲」之说，坚决主张拥立福王朱由崧上位。朱由崧是万历皇帝的直系长孙，是崇祯皇帝的堂兄，如今崇祯以及他的三位皇子都已被俘，按宗法伦序，朱由崧无疑是最具合法性的继承人。
而以钱谦益、吕大器、张慎言等人为首的东林党人，则更倾向於「立贤」。
他们看中的是潞王朱常涝，神宗皇帝的侄子，论亲疏差了一层，但据说此人素有令名。
可这场看似「立亲」与「立贤」之争，其实骨子里还是万历朝「国本之争」的延续。
早在万历年间，以东林党人为首的文官集团，为了阻止神宗立老福王朱常洵为太子，可谓是前仆後继，与皇帝斗了十五年。
从「国本之争」再到「福王庄田之争」，双方积怨已深。
一旦朱由崧登基，秋後算帐，东林党人怕是要吃不了兜着走。
为了保住性命与地位，身为东林党魁、礼部侍郎钱谦益不顾路途遥远，两次从常熟赶往南京，以「立贤」为名，四处游说朝中诸臣，提议迎立潞王。
凭藉其东林党领袖的声望与清名，钱谦益很快便拉拢了一大批拥趸；
其中不乏南京兵部侍郎吕大器、南京户部尚书高弘图、右都御史张慎言、詹事府詹事姜曰广等朝廷要而在这一众支持者中，最具分量、也最能决定局势走向的，则莫过於南京兵部尚书史可法。史可法，字宪之，河南祥符人，世袭锦衣卫百户出身。
早在崇祯元年，他便考中了进士，并被外放到了西安府。
彼时的史可法还是一介小小推官，在三边总督杨鹤的指派下，负责安抚各地流民和归降的起义军队伍。後来，他又跟着卢象升在中原剿寇，从户部主事、员外郎一路升任南京兵部尚书。
虽然南京中枢建制完整，设有六部、都察院、五军都督府等府衙，但却多为闲职，官员基本也是些养老、贬谪之人，权力有限。
但唯独南京兵部尚书一职不同。
自成化年间起，南京兵部尚书便固定兼任了「参赞机务」一职。
这一兼职赋予了其统管南直隶军务的权力
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