在意识到大势已去之后，滞留在马公港未能来得及撤离的数千人没有再进行无谓的抵抗，大约三分之一的人选择了就地投降，剩下的人则是抱着侥幸心理撤向了内6，指望敌人对澎湖的攻打只是短期行为，打完这一波之后就会撤回大6。
颜楚杰也没有急于让部队连夜进行搜捕，而是在马公港划定了驻扎区，让运兵船和货船能偶尽快入港停靠。这次的联合行动，海汉与福建军方总共投入了近万作战人员，还动员了几乎数目相当的民夫负责后勤辎重。不过开战之前的种种担心，现在看来都已经不会出现了，十八芝接连驶出丢车保帅的招数，已经表明了他们没有打算在澎湖岛上再组织像样的抵抗。这样一来联军要实现占领澎湖的作战意图就十分轻松了，只要逐岛进行清理就行。
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