令将北京大学与北京其他国立八校合并组成国立京师大学校。1928年6月，国民党军队进入北京，奉系军阀退出关外，北大师生开展复校斗争，发表《北大宣言》：“我们北京大学受军阀恶势力的摧残已经整整一年了。
1937年7月7日，卢沟桥事变爆发。月底，北平、天津相继陷落。9月，奉教育部令，北京大学与清华大学、南开大学南迁至湘，合组长沙临时大学。北大校长蒋梦麟、清华校长梅贻琦、南开校长张伯苓为临时大学筹备委员会常务委员，组成常委会主持校务。复员后的北京大学迁回北平原校址。1946年7月，新任校长胡适（蒋梦麟辞去北大校长职务后，1945年9月由胡适接替，胡适到任前由傅斯年代行）宣布北大重要教职员人选。1946年7、8月，北大奉教育部令先后接收了北平临时大学补习班一至四分班及第六分班，1947年8月，北洋大学北平部并入北京大学。为安置北返的师生和临大补习班的学生，扩大校舍迫在眉睫。
经多方奔走，争取到改建后的相公府、东厂胡同的黎元洪故居、旧国会大厦等多处房舍，扩充后的校舍分散在城区和郊区，达40处之多。1949年1月31日，北平和平解放。2月28日，北平军事管制委员会文化接管委员会正式接管北大。5月4日，北大成立校务委员会成立，汤用彤任**。1951年6月，马寅初出任新中国成立后的第一任校长。1956年6月，学校开始实行党委领导下的分工负责制，江隆基任第一书记。1957年10月，陆平任校党委第一书记，并于1960年3月起兼任校长。1962年2月，北京大学的领导体制明确为党委领导下的以校长为首的校务委员会负责制。
1966年5月16日，中央通过了“五·一六通知”，标志着“*****”的开始。在康生及其妻曹轶欧的策划下，哲学系聂元梓等于5月25日贴出了题为《宋硕、陆平、彭珮云在文化革命中究竟干些什么？》的大字报，诬陷、攻击北京大学党委和北京市委。6月1日，中央人民广播电台根据**的批示，全文播发了这张大字报。当晚，华北局派驻北京大学工作组进校。1976年10月，中央一举粉碎“***”，结束了十年“**”动乱。党和政府对北京大学十分关心，***等京都同志多次接见校领导，对北大工作作出重要指示。北京大学遵照党中央拨乱反正的方针，积极开展对教育界“两个估计”的批判；踊跃参加实践是检验真理唯一标准问题的大讨论；平反“**”中的冤假错案，落实党的干部和知识
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