得到了「警告」的源渡，自那次实验失败之後就没有再做过什麽激进的事情，或者说他现在的手牌不足以支持他做这种决定，他不能冒着初号机脱离他掌控的危险冒进。
他只能蛰伏起来，等待适当的时机再做打算。
时间再一次向前推进，来到了本地球的2012年，也就是青子一行人搭乘半位面魔法船抵达这个世界的第12年。
这一年，明日香已经12岁了，或者说她的肉体抵达了12岁应有的状态，而实际年龄应该更小一些。
由於青子的影响，式波系列02号机体成为了该系列的最终机型，也就意味着她是吃鸡大赛的最终获胜者，集齐了所有灵魂，成为了本世界真正的明日香。
她在接受NERV提供的精英教育的同时，还从蓝宝石花之乡的魔术师还、妖精们手里学到了不少神秘学手段。
虽然她的体内暂时还没有任何魔术回路这种东西，但青子、橙子、有珠三人通过研究这个世界本身的神秘体系，取得了不少成果，让明日香可以使用一些在普通人看起来匪夷所思的「超能力」。
举个例子，明日香可以通过在特殊材料上绘制「咒文」，来实现自身的心理学隐身的效果，虽然对付像是青子她们这种老油条没什麽用，但是在面对普通人的时候却有非常决定性的效果。
当然，心理学隐身仅仅是一种顺道研究出来的衍生品，橙子在这几年中最为重要的收获有两个。
第一就是她成功破解了SEELE引以为豪的使徒封印用诅柱的所有技术细节，
做到了真正掌握、改进这种结合了科学和神秘学的技术。
如果将来在第三次冲击中她们在这个世界上的「财产」面临威胁，她们现在也可以拿出像是反L力场系统来应付了。
而且青子打算在适当的时候把这项技术透露给还未诞生的WILLE，因为加持良治这几年在伯大尼基地过的不太顺利。
说起加持良治，这位三面间谍在这四年期间并不是一直留在伯大尼基地的，
期间他因为接到别的任务，又或者是因为要对自己的上峰传递情报的缘故，有多次、长时间不在基地里。
虽然放出第三使徒、摧毁五号机的任务都看起来很难完成，但他还是将橙子关於尼布申尼撒之钥的「研究成果」成功递交给了源渡，这让这位间谍的雇主还不至於因为太失望而放弃他。
第二项成就，就是橙子终於根据伯大尼基地中的ADAMS素体
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