《资治通鉴》卷246作开成五年正月己卯又作鱼弘志，相互混淆。
《晋书》载吕光的第一个年号“太安”，而《资治通鉴》记载为“大安”。再如《资治通鉴》记年方式多有不当之处，如齐人伐燕的时间（前313年），司马光舍《史记》的纪传体，未据《纪年》详加考查，只增加齐威王十年，减少齐湣王十年，以求与《孟子》记载齐宣王伐燕的事迹相同，宋朝朱熹经考订认为是齐湣王十年，据今人考证，实际上为齐宣王七年，另乐毅伐齐中也有不少错误。
又如《资治通鉴》在记述隋炀帝西巡行程中均出现诸多失误，六月二十三日以后由张掖前往焉支山的时间提前到高昌王六月十七日到达张掖的当天。《通鉴》卷十五（汉纪七）文帝后二年：“八月，戊戌，丞相张苍免。”但据《二十史朔闰表》文帝后二年八月丁卯朔，月内无戊戌。吴玉贵著有《资治通鉴疑年录》归纳出《通鉴》纪时所发生错误，共计得出八百八十八例，可补此方面的缺失。
其中的很多内容，是道听途说，如“王莽毒死汉平帝”，这是新莽末年起义者所编造的谣言，被司马光等人当做信史来写，是很不负责任的。
宋朝的朱熹在《朱子语类》的〈历代一〉中，有直接的批评：“温公不喜权谋，至修书时颇删之，奈当时有此事何？只得与他存在。若每处删去数行，只读著都无血脉意思，何如存之，却别作论说以断之。”又说：“温公修书，凡与己意不合者，即节去之，不知他人之意不如此。《通鉴》之类多矣。”明代严衍熟读《资治通鉴》，著有《资治通鉴补》，列举通鉴有七病（漏、复、紊、杂、误、执、诬）。
近人岑仲勉认为《通鉴》对牛僧孺说”失一维州，无害其（吐蕃）强“的评价有偏颇之嫌，司马光还不惜歪曲事实，玩弄文字游戏。岑仲勉还写有《通鉴隋唐纪比事质疑》，自称纠正《通鉴》的谬误，共670余条。
《资治通鉴》也有不少缺点，如《资治通鉴》着重于政治与军事的着墨，对于经济方面记载不多，如载“租庸调制”仅“初定租、庸、调法，每丁租二石，绢二匹，绵三两，自兹以外，不得横有调敛。”二十余字，《通鉴记末本末》只收录两则与经济有关的史料，至于文化、艺术、宗教谈得更少。
项羽的垓下歌、刘邦的大风歌等，《通鉴》皆不取，但对于“诗赋有所讥讽”者则采之，如卷一百四赵整作歌、卷一三四百姓为袁粲作歌。杜甫这样的人物，甚至只提到一次。柳宗元是政治人物，文学地位虽小于杜甫，司马光却
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