不但没有杜绝倭患，反而使得不少东南沿海的百姓为了生计成为了海盗和走私商，进而加入了倭寇的行列中。
而且，由于琉球成为了倭寇的补给基地，这使得倭寇机动性非常强，他们时常派人到沿海城市窥探虚实，一旦发现机会就蜂拥而至，以迅雷不及掩耳之势进行劫掠，等当地驻军赶来增援的时候倭寇已经抢夺完毕乘船离开，使得那些驻军只能望洋兴叹。
鉴于此，洪武帝开始转变对付倭寇的策略，着手布置沿海地区的海防，在辽东到广东的漫长沿海地区设置了五十多个卫所，打造了一道坚固的海防防线。
按照洪武帝的要求，那些沿海的每个卫所都配备有战船5艘，每船能搭载士兵5名，总兵力达到了多万。
由于有了这道海防防线，倭寇袭扰的事件大为减少，倭寇上岸劫掠的时候通常都会受到那些沿海卫所的追杀，洪武帝耗费大量人力、财力和物力构建的这道海防防线看似抑制住了那些倭寇。
不过，倭寇很快就改变了策略，犹豫琉球孤悬海外明军力量薄弱，因此他们再来东南沿海打劫时先去琉球，然后派人去东南沿海城市窥探，要是当地明军防备严密，那么就先待在琉球，一旦发现明军稍有松懈就趁机蜂拥而上，前去洗劫一番，然后迅速逃走。
琉球有着足够的物资补给，足够那些倭寇待在上面等待时机，实在没有机会也能琉球劫掠一番，也能有不错的收获。
故而，琉球逐渐成为了倭寇的侵袭东南沿海的跳板，洪武帝耗费心血打造的海防防线对此无能为力。
除非能把面积广阔的琉球经营得与内陆一样，这样才能驱离那些倭寇，可琉球现在还属蛮夷之地，要想达到这个目标需要耗费巨大的精力和财力，并且还要组织内陆的居民移民琉球，工程浩大，难以实施。
洪武十九年七月，倭寇以琉球为基地，在福建沿海连续袭扰了一个多月，相继劫掠了漳州、泉州、福州、兴化和厦门等地后方才扬长而去，满载而归，而当地的海防军队却无能为力。
战报传到南京后，洪武帝大发雷霆，破口大骂闽浙巡抚汤和：“开国功臣，竟奈何不得区区倭奴！
鉴于海防防线无法抵御倭寇的侵袭，洪武帝于是想到了一个极端的办法，那就是在琉球坚壁清野，撤回琉球的局面，而当时的文武大臣皆赞同此举，即使有人心有异议也不敢忤逆洪武帝。
于是，洪武二十年洪武帝下旨撤销了澎湖巡检司，迁琉球居民去漳州和泉州。
琉球百姓于
…。。