陆军整编完，接下来就是海军了，朱慈炅对海军的建设历来都相当的重视，因为这个时代是大航海时代，陆上力量再强都是假的，列强只要控制了海洋，到处开拓殖民地，搜刮财富，就算是用银子砸，也能把你砸趴下！
可以说海上争霸才是这个时代的主题，但是大明由于倭寇肆虐的原因实行了一百多年海禁，海军实力急剧萎缩，到朱慈炅接手的时候，大明水师连明初都不如，更别说两百多年前郑和下西洋那段海军巅峰时期了。
好在大明海军力量虽然薄弱，但是造船的底子还在，火炮技术跟上来以后建造超级战列舰压根就不是问题，经过这几年的发展，大明海军的力量成爆发式增长，已经拥有超级战列舰一百艘，福船战舰一千多艘，各式小型战船将近三千艘，更有巨无霸级的宝船巨舰三艘，可以说已经具备了与列强海上争霸的实力。
而且，在朱慈炅的主持下，大明造船行业也得到飞速发展，东大营的造船厂已经达到年产一百艘超级战列舰和五艘宝船巨舰的能力，而现在正是年底，今年的一百艘超级战列舰和五艘宝船巨舰马上就要交付了，正是整编海军的大好时机。
在朱慈炅的规划中，海军军团同样分为三等，但现在就光有南洋水师和北洋水师两个一等军团，二等军团和三等军团都是空白，不过三十万新招的水军经过两年多的操练倒是基本能操作战舰了，所以朱慈炅决定将其整编为三个三等军团，而且他还准备再组建一个海军预备军团，至于主将就只能在南洋水师和北洋水师里面提拔了，经过一段时间的深思熟虑之后，大明海军的整编计划终于出炉了。
首先，将新生产的一百艘超级战列舰全部装备给南洋水师和北洋水师，这样两个水师都拥有了一百艘超级战列舰，组成了纯战列舰的超级舰队，至于淘汰下来的福船战舰则用来组建三等军团，名字朱慈炅也想好了，分别是北海舰队、东海舰队和南海舰队，新生产的五艘超级战列舰则配给五个舰队司令作为旗舰，另外再招十万新兵作为预备军团，驻扎在南大营操练，具体人员和装备配置如下：
一等军团北洋水师，司令正一品五星上将黄龙，炮兵五万，水兵五万，装备宝船巨舰一艘，超级战列舰一百艘，炮兵每人配备左轮手枪一把，手雷两颗，水兵每人配备转轮步枪一把，手雷五颗。
一等军团南洋水师，司令正一品五星上将郑芝虎，炮兵五万，水兵五万，装备宝船巨舰一艘，超级战列舰一百艘，炮兵每人配备左轮手枪一把，手雷两颗，水兵每人配备转轮步枪
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