海并行、海运为主的漕运方式，至永乐十三年，罢黜海运、致力于内河，交通格局发生了重大变化。
明初的海运主要服务于军事征伐的需要，为消灭残元势力提供物质保障，远距离的漕粮运送多通过海路进行，其海运仍沿袭元代路线，所以漕船延期、漕粮漂没、运军溺死等海运艰难之状与前代无异。
此外，明初海运还面临倭寇的骚扰，这种情况下，朝廷先后两次罢黜海运，致力于河运。
早在洪武六年，一些大臣针对海运辽饷失事的事件，建议在北方地区屯田，以减少漕粮调拨，朝廷于是自次年起大力推广屯政，“天下卫所州县军民皆事垦辟”。
随着屯田规模的日渐扩大，洪武二十七年朝廷命辽东、定辽等二十一卫军士，自次年始全部实现屯田自给，“以纾海运之劳”。
到洪武三十年，辽东军饷出现了赢余，朝廷不再需要海运济辽，这才停止向辽东海运漕粮，此即为第一次停罢海运。
海运罢停后不久，永乐元年三月，因北京军储不足，朝廷决定再开海运，命平江伯陈瑄、都督佥事宣信任总兵官，督理海运，负责向辽东和北京两地运送粮饷。
对于重开海运，大臣们各抒己见，众说纷纭，但在同年七月，就开启了多条运输航线的尝试。
八月，陈瑄督运粮饷近五万石，由海路至北京、辽东，此次成功鼓舞了朝廷海运漕粮的决心。
需要注意的是，当时的航路是由户部尚书郁新提出了利用卫河水陆转运的办法，河、海兼运的运输方式，两年后，海运漕粮“岁以为常”，最终确立。
不过当时的漕运线路主要有三条：一是江南漕粮海运北上，每年达１００万石，于是在北端的直沽尹儿湾城建百万仓外，又在南端的嘉定县青浦“筑土为山，立堠表识”。
二是河运由淮河、黄河至河南阳武，然后派发山西、河南丁夫，陆运１７０里至卫辉入卫河，最后到达通州；
三是开辟了从临清仓向北京运送河南、山东粟米的运道。
不过后两者均为民运，在运量与专业程度上远不如官军海运重要。
总之，自洪武初年到成祖肇建北京，虽然一度罢黜海运，但总体而言，运输方式仍承元人之旧，仍实施“水陆兼挽，参用海运”的运输方式。
海运仍面临风涛之险，但内河还无力承担大规模的漕运任务，河海并行、海运为主的运输方式，是当时情况下的最好选择。
永乐十年，尚书宋礼力陈海
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