十一月下，当右佥都御史，巡抚淮扬，漕运总督路振飞得知流贼又围开封，流贼前锋甚至东逼而来时，他就认定流贼有围打徐州，甚至断绝漕运，攻掠淮安之心。
他立时遣各将分道防河，由邳州、睢宁、宿迁至沭阳、桃源、清河等地层层设防，相互声援，声势相接。各要塞处都派兵固守，又命在两淮之间组织民团，招募乡勇，犒以牛酒。并且他制定条规，乡勇不登军籍，不督促强迫操练，不调遣，只保卫乡土，很快也组织了一支达数万之众的军旅。
路振飞此人很有特点原则，大抵须上请者，尽言告之，可专断者，立法施行。应该禀告上级的事情，一律禀告上级请求指示后才办理，从不越权越级。可以在职权范围内处决的，从不推延塞责，立刻办理。
在他决断下，流寇虽然声势益张，但两淮军民心气很高，誓死不让流贼进入淮安。
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崇祯十四年十二月，总督朱大典办贼不力，被革职听勘，以高斗光提督凤阳。但崇祯十五年流贼陷含山，犯无为，总督高斗光被劾督军不力，于十五年六月起用马士英总督庐凤军务。
此时他驻节凤阳府，徐州虽归南直隶直辖，但军务上也归马士英节制，当十一月下流贼源源不断进入徐州境内时，马士英心中忧虑。于十二月初领副将杨振宗、庄朝梁，同禁旅总兵马得功、参将王进功等，共提兵五千过淮河，由凤阳府城进到宿州。
但随后大股流贼不断逼来，众将皆畏惧不敢进，他们驻守符离桥边，一直持观望态度。
十二月初十日，马士英接到兵部传来的严旨晓谕，令他总督凤庐等处兵马，火速救援徐州。马士英有些踌躇，不过还是依旨传檄孙可望、黄得功等人，邀截会剿，领兵救援。
他派出的使者到达寿州时，孙可望正踌躇满志的带着李定国巡视自己治下辖地。
当时招安前他言要学王斗，高筑墙，广积粮，屯聚强军，果然到了寿州后，立时展现出了超强的治理能力。
首先他开始剿匪，他虽是流贼出身，却对境内的土寇流匪毫不留情，没有丝毫的“同宗”之情，在他的狠辣手段下，当地匪盗绝迹，不但使当地气象一新，还获得了不少钱粮物资进项。
随后他积极争取当地士绅支持，特别愿意支持贫穷士子，更恭谨应对凤阳总督马士英，年节孝敬必不会少，博得了当地官商士人的交口赞誉，流贼出身的污点迅速洗白。
在经济上，以临近淮安府的优势，他积极的贩卖私盐，走
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