之后，也进一退挤压了当地土著的生活空间，而且中国人比当地的土著更聪眀、更勤劳，又掌握了先进的生产技术，因此当地的土著根本就无法与中国人竞争。如果是在西班牙殖民时期，还可以靠西班牙人的力量，强占中国人的财富，但现在中国己经是吕宋的统治阶层了，而且还有李华梅舰队的驻军，当地土著跟本就无法在欺压中国人，只能够眼睁睁的看着中国人在这片土地上扎下根來，将荒野变成沃土，将丛林变成农田，收获财富。
虽然也有几个部落一时眼红，忍不住干了几票强抢农场的事情，但很快就被中华军灭族，因此其他部落大多都选择和中国人合作，或者受中囯人的雇佣，在农场、工场是工作，而最终的命运是被中国逐步的同化掉，也有一小部份干脆举族搬迁，搬到吕宋群岛南部的棉兰老岛、苏禄群岛、巴拉望岛等地居住。
商毅在马尼拉的行宫就设有马尼拉总督府对面的马尼拉大教堂，也就是以前的奥古斯丁大教堂，当然现在是由耶稣会在使用。
马尼拉大教堂是马尼拉城里规模最大的建筑，又正好在马尼拉总督府的对面，因此做为商毅的行宫是最合适的。而教堂里的传教士们对此也并无异议，因为现在耶稣会和中国政府、皇室、皇室的成员还保持着十分良好的关糸，能够取得在吕宋地区的传教权，也完全是中国，甚致是商毅个人作用的结果，因此传教士们对商毅也十分感激，再加上中国皇帝下榻到自己教堂居住，也是一份极大的荣誉，传教士虽然都是出家人，但也是有虚荣心的，人人都觉得很有面。
因此传教士们也十分配合，立刻让大部份的传教士、教友、信徒都搬到马尼拉城外的其他教堂去居住，只留下了小部份传教士，并腾出了大部份的房间，供商毅和随行人员居住。
等商毅进城之后，马尼拉大教堂的主教也将商毅一行迎接进教堂，进行安置。亚莉桑德拉是天主教徒，对住教堂当然不会排拆，而且她在过去就是西班牙驻菲律宾的军官，也多次來过这坐教堂进行一些宗教典礼，因此对这里的一切并不陌生。
而丰臣薰还是第一次到天主教的庙里來，虽然在杭州、南京都有教堂，但一來是丰臣薰在中国一向深入简出，而且丰臣薰是受的传统的东方文化教育，信仰的宗教是佛教和日本本土的神道教，对西方的宗教也有一种本能的排拆，只是入宫之后，和亚莉桑徳拉同居一宫，才对西式风格有了一点了解。因此对教堂里的一切也觉得十分的好奇，好在是有亚莉桑德拉在一起，而且留下的传教士也都会说中文，到是可以
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