有不少大名都意识到了，徳川幕府这一次真得是把中国这条巨龙给惹恼了，而且随着中国出兵参与，恐怕德川幕府在日本的统治时间也维持不长了。因此自巳也应该重新迭择，如果在这个时候站错了队，可就是万劫不复了，熊本藩、福冈藩、小仓藩就是活生生的例子。
于是有一些大名选择了向长州藩投降，并且顺势加入到倒幕的阵营中來，而也有一些大名拉不下脸來向中华军投降，只好带领着家眷弃藩而逃，躲到了江户去躲避，并且向徳川幕府请求，出兵进攻大阪，夺回自已的藩地，因此就在中华军进驻京都的第四天，长州藩的大军的前部人马也到达了京都，与中华军顺利会师。
而这时日本的整个关西地区，已经都不属于徳川幕府的管辖范围了。