在南京、杭州两地抓捕了清廷的谍间人员五十七人，其中男子四十三人、女子十四人，一共捣毁窝点十一个，查获了信件文书六十一封、名单十三份、地图十六张、白银十万余两，刀枪武器七十三件、弓箭二十一把，火枪十二支。也可以算是大有收获。取得了一次反间行动的大胜利。
同时在南京和杭州两地，对这一次的涉案人员也进行了审判，周元舟以政府官员渎职、贪污罪行，判追纳所有脏款、杖击四十，在南京收监三年，刑满释放之后永不录用；刘原引以政府官员滥用职权、故意伤人、抢劫等数罪并论，判杖击四十，发配湖南长沙府，服役六年，刑满释放之后永不录用，而跟随刘原引一起参上砸店伤人的巡捕队成员，也都受到相应判决，发配到各地服役，年数不等。林之湖以逃税论罪，责令其追缴补足所逃欠税额，并罚以税金的一倍，杖责二十，在杭州收监二个月；林白以走私论罪，杖责四十，发配湖北武昌府，服刑四年。
而抓捕的清廷间谍人员，也都跟据其罪行、以及身份职务的高低，进行了判决，他们的判罚可就要重得多了，最轻的也是服役十年，而服役的地点，不是台湾就是琉球，总之不服满刑期，跟本就回不來。
随后这次审判的结果也在［杭州时报］上进行详细报导，同时也再次强调，在南京政府里，违律必罚的原则，任何人都不能例外。当然也得到南京
另外这一次的审判的结果，对南京政府的官员也确实是一个不小的震动，因为这次审判的人员分别來自周、林二家，向林之湖、林白都算是林凤舞的直系亲属，但商毅仍然能够不殉私情，依律治罪，对其他的官员來说，也确实是一个警告，有一部份平素行为并不怎么检点的官员，都吓出了一身冷汗。同时也都暗暗后怕。
但这一次的审判在民间却得到了一致的好评，什么清正廉洁、执法如山等等赞语，也都纷纷飞向南京政府，就连参政院里的议员们也对此称赞不己，如黄宗羲、吴甡、史可法、顾炎武等人也都不得不承认，南京政府确实是一个新兴的政治力量，而商毅也确实有夺取天下的器量。当然也有极少数人认为商毅这是在故作姿态，以博虚名、付收买人心，但问題是明朝的皇帝，连这种故作姿态的行为都沒有过。
商毅对这一次危机的圆满解决，以及反间行动所取得的成果也十分满意，不过这一次清廷的进攻确实很厉害，差一点就给自己造成了沉重的打击，而且算起來这己经是第二次了，來而不往非礼也，商毅可不甘心就这么被动挨打，也要找个机会也给清
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