文官系统确定下来之后，接着就是军队糸统。而首先改变的，是军队的名称。
由于以前商毅只是一方的割据势力，为了增加军队的归属感，保障自已对军队的绝对控制力，因此才叫做商家军。但现在商毅己经正式称王，并且己经形成一个独立的政权机构，说是国家，也不为过，如果还叫商家军，仍然脫离不了军阀的味道。
商毅决定将军队正式分为陆军部和海军部两个编制，统一称为中华军，而陆军也称为中华虎贲军，海军则称为中华伏波军。
这二个名称也得到众人的一致赞同，因为中华是中国、华夏的合称，自古可以代表中国以及汉族。因此取“中华”两字，就意味南京政府的目标是夺取天下，并非偏安一隅。也能体现商毅己经实质是一个一方君主的事实。
虎贲在中国古代，是是守卫王宫、护卫君主的专职军人，也可以指军中的勇士、猛将。而伏波的本意就有降伏波涛的意思，伏波将军则是古代对将军个人勇武能力的一种封号，用这两个词分别称呼陆军和海军，不仅十分贴功，而且也可以充份说明出中华军强悍无敌的一面。
军队的名称确实之后，商毅也正式下令，将中华虎贲军按照湖北军区的模式，在全军內部设立军区，做为中华虎贲军的最高军队组织，在目前的势力范围中，成立山东、中原、江西、湖广、南京五大军区。各军区的最官员为军区司令员，司令部中可设副司令员一到两名，参谋长一到两名，副官^H 六到八名，警卫队一到两个连。
各军区下设军编制，每个军的额定编制将分两个师、两个师、一个旅或一个师、两个旅三种，各军过去的番号依然保留在各军区中，其余将加设新的番号。另外每个军区都要编制一个骑兵师、旅和特种师、旅。
各军区的设制是：
山东军区司令部设在青州，由原来的第四、五军组成，司令员周少恒，副司令员童大勇、、蒋义渠；参谋长唐镇、鲍铜钢。下设四个军：总兵力十万七千人。
第四军：军长滕胤玉，辖第二师、第十一师、第二旅。
第五军：军长乔克裕，辖第八师，第十师、第七旅。
第九军：军长冯进，辖第十四师，特种兵旅、第四旅。
第十军：军长章一平，辖骑兵师、第十二旅、第二十七旅。
山东是商毅最初起家的地方，在占领浙江之后，一直都没有放弃，到现在己经逐步发展成总兵力超过十万的大部队，由其是山东军区的主将周少桓，不仅
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