就在商家军的舰队以巨舰重炮轰开了曰本国门的时候。商毅在南京正式招开了江南四方会谈，制订南方的四个政权同时存在的规则。
参加四方会谈的代表是，南京方面的代表是李岩、李松晨；永历朝廷的代表丁时魁、吴贞毓；永安朝廷后代表张煌言、尚之孝；绍武朝廷的代表郑鸿逵、顾元镜。另外还有三名中立方的代表吴甡、史可法、黄宗羲，付责从中调停，协调各方的关系。
整个会谈足足进行了一个多月的时间，过程也十分曲折，四方代表为了自己一方的利益，全部都尽力据理力争，寸步不让，多次中断了会谈的进程。在整个会谈其间，一共发生了七次休会暂停，甚致还有两次有代表威胁要退出会谈，而在桌面下的暗箱操作，威逼利诱，拉陇分化等等手段，更是不计其数。
不过现在南方的四个政权一强三弱的事实是不可改变，三个南明朝廷都是处于弱势的一方，但本身都不思进取，不能励精图治，奋发作为，而且在互相之间还都不能相容，难以组成一个联系紧密的同盟來对抗南京，因此在会谈的大趋势上，也只能被南京政府牵着鼻子走。
但经过了艰距的反复协商，扯皮拉筋之后，终于在十月五日这一天，达成了一致的意见，签定了协议。
协议首先规定，正式承认永历、永安、绍武这三个明藩朝廷的合法地位，互相并尊，如遇会议、会盟、签定协议，则以各朝廷皇帝的辈份、年龄來分列位次；各朝内部的内政自主，官员任命、岁赋役征，其他各方都不得干涉，；南京方面也承认奉立三个明藩朝廷为正朔，在公文來往方面，以臣属自居。而三个明藩朝廷也共用正式策封商毅为靖北王，将湖广、江西、浙江、南京四个地区确定为商毅的封地。
这一点是确定现在南方秩序的大原则，也是经过了最激烈的争吵，由其是永历朝廷，因为永历朝廷的皇帝朱由榔是祟祯、弘光两个皇帝的堂弟，从血缘來说算是最近的，因此一直都以正统自居，当然不甘心和其他二个朝廷并列，相比之下，永安、绍武两个朝廷因为血统较远，到是能够接受这个事实。结果以三比一的优势为压永历朝廷。
为此永历朝廷的代表还闹出了第一次退出。但南京方面对此也早有准备,通过私下的渠道，警告永历朝廷，一但为此而退出，那么等南京、永安、绍武三方达成一致之后，将联合出兵，同伐永历朝廷，后果很严重，自己看着办。结果永历朝廷的代表果然害怕了,也只能服软。
不过商毅表示仍然奉立这三个明藩朝廷为正
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