己是在所难免的，但多尔衮的目光，主要还是放在满汉八旗，但清廷主要还是以满州八旗为基础，要扩军首先是要把满州八旗恢复建制。
但满族目前的总人口数还不到二百万，而且二次南征，损失己有近十万，都是旗內青壮年男子，现在旗内所剩的适龄男子，己不足三十万，而且素质也远远不如当初。因此多尔衮只能下令，满州八旗内所有十五岁以上，四十五以下的男子，全都要参加测试，合格者即可以升为旗军，然后参加军事训练，另外八旗内的包衣、跟役也都可以参加测试，合格者可以免除包衣身份，升为正式旗丁。而测试成绩优秀的，可以被选入三大营，身份比旗兵更高一级。
这样一来，也扩大了八旗兵力的来源，同时也基本断绝了随军的包衣、跟役，使八旗兵变成纯粹的国家军队，而不再是部落散兵。
同时清廷的营军编制也正式完成，分为护军营、前锋营、骁骑营三个大营。另外还设亲军营，步军营，键锐营，虎枪营、善扑营五个小营。各营均设统领、参领、校卫、士兵四级，兵源主要是以满八旗为主，并从蒙古八旗中抽调少量精锐组成。总计满圆的兵额约在十八万左右。这差不多是目前八旗可以编出的最大兵力了。
当然到了这个时侯，蒙古八旗也必须派上用场，因此多尔衮也决定，将蒙古八旗扩充到一百八十七个牛录，使蒙古八旗的兵力达到五万左右，加上蒙古其他各盟旗，使蒙古总兵力达到八万左右，也极大的扩充了清廷的兵力来源。
而在汉军的编制，多尔衮也决定，除了汉军八旗恢复建制，并扩充到二百零八个牛录，使汉军旗总兵力超过六万。同时将非八旗的汉军，从中选出精锐，统统编成绿营，并且扩大绿营的兵力，使绿营的总兵力，达到三十万左右。也成为扩编最大的清廷编制。
绿营的兵制分标﹑协﹑营﹑汛四种﹐总督﹑巡抚﹑提督﹑总兵所属的绿营只称为标﹐副将所属称为协﹐参将﹑游击﹑都司﹑守备所属称营﹐营以下又分为若干汛。每汛设千总﹑把总等官职。每标﹑协管辖一至五个营不等；每营的人数少则二三百人﹐多则六七百人。
绿营补充的兵力来源，首选是关外的辽东汉人，正好现在辽东遭到商家军的破坏，造成了大批无家可归的难民，也为清廷扩制绿营，提供了足够的兵源。其选山西、北直隶、河北一带的北方汉族人。
因为在南征的后期，和湖北战役中，清军都出现了大规模向商毅投降的情况，这也让多尔衮对明朝的降兵降将，由其是南方的降众非常不放
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