舰队目前也隶属于海军部，而且黄震现在还是海军部的副统领,因此这样的兵力调动,以及在指挥上都并不存在什么问题。
接到了商毅的命领之后，黄震也立刻下令，长江舰队出击，向南京发动进攻，这一次进攻，仍然是以长江舰队的第一分舰队为先锋，指挥官何滨将舰队分为两队，第一队有三级巡洋舰一艘，四级驱逐舰七艘，五级护卫舰四艘，共计十二艘战船，首先向龙山发动了进攻。
自从洪承畴和多铎联名向北京发回公文之后，洪承畴离开南京，继续到黄州督战，而多铎暂时还留在南京，静观局势的变化，镇江被商家军收复之后，虽然这时多铎和洪承畴都还不知道清廷己经打算放弃南京，但也能意识到，现在南京的局势确实很危险了，于是也开始做好南京失守以后，清军退守到武昌府的准备。这一点到是和多尔衮的想法不谋而合。
而且因为直到这时长江航道始终还保持着通畅，而商家军对南京的合围也沒有完成，因此清军的撤离工作也做得不慌不忙，南京本是清廷平定南方的大本营，因此也聚集了不少的物资钱粮，现在清军要放弃南京了，这些物资钱粮自然也都要转移走，而且在前一阶段清军连继攻取了湖南、江西、福建、广东等地，又新收降以及抓获的一大批明朝宗室和官员，当然也都要带走。
于是多铎首先下令将南京的财产、物资、以及明朝的降官、包括被软禁在南京的郑芝龙一族，做为第一批撤离人员，当然其中也还有多铎在南京搜刮的私人财产和几个美女。分为水旱两路，水路运送的是物资财产，而陆路走的则主要是人员。首先向武昌府转移，然后从武昌府渡江北返进京。
陆路的部队因为人数不多，因此也准备得较快，由固山额真尹拜图带领着五千人马押送,首先从南京出发，沿长江向西行进。
而水路是要运送物资钱粮，清军出动一百多艘船只，其中运输船有八十余艘，护航的战船有三十余艘。清军的战船多是用商船、货船改造，而且经历了两场水战之后，小船基本都烧完了，现在留下的多数三百料以上的大船，而且还有十余艘四五百料的大船，因此运输量也颇为可观。
但就在清军的船队准备从南京启航的时候，正好商家军长江舰队从长江向清军发动进攻的时候，何滨正带领着前部的十三艘战船向龙山船厂这边行驶过来，得知这时清军的船只都停泊在南京金川门一带的江面的码头上，正在装船出发，因此何滨也立刻下令，各船排成一列纵队，向清军的船只发动进攻。同时又派小艇向后面的第
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