么又惹怒了阿济格，赶忙又道：“是平西王派人来通报的，他己经攻破了三山门，占领了钟鼓楼，现在正向南京北方追赶商家军，因此请王爷也赶快从皇城出兵。”
这一回阿济格总算是听明白了，“咚”的又给了亲兵一脚，骂道：“你这该死是奴材，怎么也不说清楚呢？”
亲兵心里想着，自己还说得不够清楚吗，但这时阿济格己经一叠声的大叫道：“快，传令下去，集合人马，拿爷的盔甲来呀……”
原来吴三桂得知，从仪真渡江的马宝部己经攻取了镇江之后，就意识到商家军己经不可能继续在南京坚守了，应该趁机向南京的商家军发动进攻，因此也立刻在南京上游找地点，连夜渡河。由于他带领的主力人马，一共有八万余人，而一时找不到足够的船只，一夜之间只渡过了七千余人。
但这时吴三桂己经等不及了，留下大队人马继续渡河，而自己带领着七千人马立刻赶奔南京。等他的人马到达南京之后，探孑来报，发现三山门上没有商家军驻守。于是吴三桂也来不及通知阿济格，带领着人马直扑三山门，果然一帆风顺的攻开了三山门，然后又立刻向钟鼓楼的方向杀去，而且一路上几乎没有遇到任何抵抗，只是偶尔有商家军设置的暴炸机关，炸死炸伤了几十名士兵，因此吴三桂也更加坚信，商家军己经撤离了南京。
其实吴三桂杀到南京的时候，正好是商家军准备撤出南京的时候，双方几乎就是前后脚，商家军放弃一处，吴三桂就占领一处，刚好打了一个时间差，因此吴三桂一直杀到钟鼓楼，这遇上了商家军的断后部队，但这时商家军的大队人马都己经撤到了金川门，正在登船。而吴三桂一面下令，向商家军发动进攻，一面派人去向阿济格报告，让他尽快发兵来支援。
商家军付责断后的是段鹏的特种兵旅里的一个团，见有清军追击上来，立刻借助房屋街道的掩护，猛烈的给了吴三桂部的人马一个迎头痛去。
因为吴三桂这次赶到南京，来得比较匆忙，部队也沒带火器，而又是初来乍到，又第一次打这种城市战，也不熟悉地形，也显得十分不适应，因此被商家军打了一个措手不及，人马伤亡十分惨重。吴三桂在进攻扬州时是见识过商家军的火力的，见商家军有所准备，而且在这种狭窄的街道中也能发挥很大的威力，也赶忙下令，命队伍都退回来，暂停进攻。
段鹏见淸军退了，也不再恋战，立刻趁着这个机会，甩开了追击的清军，带领着断后的部队向金川门撤退。而吴三桂虽然有些惊骇于商家军的城市
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