商毅收成进的作战计划时，己经是二十九日了，而时间很就到了弘光元年的最后一天。商毅在清早送别了黄震的舰队之后，也开始布置南京守卫，准备参加今天的除夕晚宴。
商家军的第四、五分舰共有战船四十八艘，分别是三级巡洋舰十艘，四级驱逐舰十二艘，五级护卫舰八艘。一千料辅助战船四艘、六百料辅助战船十艘。二百料飞剪船四艘。巡洋舰的吨位一般都在八百吨左右，而长江下游一带的江宽河深，足以保证航行了。
离开了南京的金川门之后，黄震指挥着船队一路逆江而上，行驶了大约有一个时辰，经过了秦淮河的长江入口，龙山船厂是位于秦淮河的西岸，现在双方在长江的势力基本是以秦淮河的长江入口为分界，上游属于清军，下游属于商家军。
因此商家军的船队一接近秦淮河的长江入口，就被清军的巡逻船队发现，然后立刻通知给清军的水军大营。
现在淸军已征集到各种船只约有四百余艘，数量虽然是不少，但基本都是二三百料的小船，最大的也不过五百料，连一百料也有，甚致连一些纯靠划浆为动力的小舟的都有不少，水军有一万余人。
付责管理水军的清军将领叫金朔，是汉军镶红旗的一个甲喇额真，清军并沒有专业的水军，这支水军完全就是为了应付这一场战场，另时组建的，因为无论是满旗还是汉旗，都是北方人，不习水战，因此水军基本都是由明降军组成，铺以少量汉旗的将领指挥。其实就是明降军，也都不是什么专业的水军出身，只要会游泳就行了。反正清军也不打算组建一支专门的水军，只要攻下了南京之后，这支水军的任务也就结束了。
得知商家军的船队从水上进攻过来，金朔也不敢大意，因为在二天以后，清军曾派出过一支船队从水上进攻南京，结果双方刚一接战，就被商家军的战船打得落花流水，被击沉了十七艘船，损失了近千名士兵。居逃回来的败兵说，商家军战船数量虽然不多，但十分巨大，而且每一艘船所载的火炮数量极多，火力极为犀利，淸军的战船根本就无法靠陇过去，就被火炮给击沉了。那么这一次商家军主动进攻过来，一定是来者不善，因此金朔一面派人飞报给阿齐格，一面也调集船队出击迎战。
有了上一次的教训之后，金朔也知道，单以战船的实力，清军肯定不是商家军的对手，这几天的时间里，金朔也恶补了一点水战的知识，因此唯一的办法就是以数量取胜，采用群狼战术，几艘船去围攻一艘船。争取靠近商家军的战船，施行登船作战，利用
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