因此岛津光久最终还是决定，还是用武力来解决。以这近百年来明朝的态度看，对海外并不感兴趣，马尼拉的华人被大屠杀后，明朝没有理，而萨摩藩侵占琉球王国之后明朝也没有理。因此这次自己用武力夺回西表岛和石恒岛，估计明朝还是不会理。
不过现在的萨摩藩可不是当初关原之战时的曰本强藩，封地被源幕府削减了大半，精兵强将也损失大半，而且又缺乏水军的力晕，岛津光久又下令征集船只，组织军队，结果花了几个月的时间，才总算是征集齐了六十余艘大小船只，军队六千余人，由岛津忠朗出任主将、并率领伊势贞行、平田宗兴、桦山久平等家臣大将，收复西表岛和石垣岛。
不过在这几个月的筹备时间，岛津光久也打听到一些先岛明军的情况，他们的总兵力约为两千左右，还要分守两个岛，而战船也不足二十艘，因此以自己这样的兵力，夺回这两个岛还是绰绰有余的。而岛津忠朗也是信心十足，带领着船队出发。
萨摩船队首先停靠琉球，以琉球王朝的都城首里为后方基地，然后刀向先岛诸岛进攻过来。而岛津忠朗派家臣桦山久平为先，率领三十艘战船，攻领先岛诸岛东北的宫古岛，为前方基地。
桦山久平是萨摩藩的名将桦山久义之后，而桦山久义正是帮助萨摩藩控制琉球的主要功臣，桦山久平也很以自己先祖为豪，只是他出生之后，曰本己统一在德川幕府的旗下，萨摩藩也无力与德川将军相抗争，因此只有老老实实做了顺民，承平日久，武士也无建功立业的机会。因此桦山久平也己经感叹自己晚生了几十年，没有赶那个叱咤风云的大时代。
而现在总算是有了出战的机会，因此桦山久平也兴奋异常，决心在这次战斗中一定要立下武勋，也为桦山家增加荣耀。因此在攻占了平良岛之后，桦山久平也不顾主将还没有赶到，就留下少数兵力守卫平良岛，自己带领着大队船队，向石垣、西表两岛进攻过来。
萨摩船队到平良岛之后，立刻被西表、石垣二岛的西班牙军发现，两名西班牙军官莫亚和阿尔维斯经过商议之后，决定率领船队主动出击，先给萨摩船队一个迎头痛击，同时也派人向浙江报急，也派人到台湾，请驻守台湾的沈寿岳派兵来支援。
正好这时桦山久平也率领着舰队向石垣岛进发，双方在先岛诸岛中部的水纳岛海域遭遇，展开激战。
在这一战中，西班牙雇佣舰队一同投入十五艘战船，都是中小型战舰，最大的是八百吨的皇家园林巡游者号，另外还有四艘七百吨战舰、六艘
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