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圣旨到是没有别的内容，基本全是对史可法和商毅在这次江淮之战中的表现进行夸赞，而且言辞也十分××，反正是什么话好听说什么，骈四骊六说了一大通，只是在最后才提到了南京之变，当然也向马士英身上了不少脏水，最后才宣布，调史可法回京，入阁理事，而商毅以浙江巡抚兼任浙直总督，并督师江北各地。品书网
也就是说，史可法终于可以回到南京朝廷的中枢机构，而商毅则接替了史可法的位置，同时身兼巡抚、总督、督师，一跃而成为南明朝廷最有实力的地方大员。而且从理论上来说，整个长以北的地方，都可以算是商毅的督师的职权范围。
这到并不出商毅的意料，因为取得了这样决定性的胜利之后，朝廷无论如何肯定是要进行嘉奖的，只不过这次动作也太快了一点，几乎是仗刚一打赢，马上就奖励下来了。如果都是这种效率，大明也不会落到今天这一步。不过吴的一封随圣旨送来的信，才让商毅明白了这其中的隐情。
原来在南京之变以后，马士英父子被打死，东林党人又纷纷上书，弹亥阮大铖。而马士英一死，阮大铖也是孤掌难鸣，因此很快就被罢官免职，逐出了南京。而南京的朝廷暂时吴和钱谦益主持。并且传告南方各地，指明马士英是奸党，死有余辜。
但南京的乱局却并没有随着马士英和阮大铖的失势而结束，各方势力纷纷明争暗斗，互相指责别人是奸党，自己是君子，最后的结果是大打出手，而且都雇佣了一批地方帮派做打手，再加上一些地痞流氓，无业游民也是趁火打劫、混水摸鱼。
结果吴和钱谦益根本就控制不住局面，结果一连十余天，在南京城里几乎天天都有打架群抠的事情发生，甚至有人会公然抢劫一些店铺酒楼。死亡人数己经达到千余人。而且死的人不仅仅是百姓，己经有十余官员，都在这场动乱中丧命了。
同时公文发送到各地之后，也引起了不少哗然，毕竟马士英己经当了一年多的首辅，提拔了不少人，而且围绕在他身边，也形成了一个利益集团，在中枢的基础被打下去了，但在地方上还有不少是马士英的同党，因此也都议论纷纷，而守卫南京周边的两员大将黄得功和刘良佐更是直接上书南京，质问马士英的死因，就是有罪，也该由朝廷来定罪处置，不该私下处决呀。
这一下东林党又都紧张了起来，因为黄得功、刘良佐是和马士英一起拥立朱由崧继位的，因此可以算是马士英一党，而且这两人现在就驻守在南京边上，合计兵力也有十
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