在朱媺娖辩认太之后的第二天，商毅就带着朱媺娖返回杭州
这时清军路的豫亲王多铎己率领二十万大军南下，先锋人马己经攻占了凤阳府西北的亳州，而因为刘良佐和黄得功都率军回援南京，整个凤阳府的防守都十分空虛，因此留守扬州的史可法心里也十分着急，己经连续向南京发回告急书，请求给江北增加援兵同时也写信给商毅，请他尽快了结南京的事情，渡江北上，来扬州主持军务
现在己经是三月底了，商毅也知道军情火急，因此一回到杭州之后，就立刻开始着手布置备战清军的工作
这时商家军在杭州地区的三个师的武器也全都配齐，因此商毅决定，将第三师全部调往江北，参与江北的防御，第四师留在江南，保卫浙江地，并且又下令把驻守台湾的第七团也抽调两营回来，和第四师一起，组成后备部队而现在商家军又扩编了两个散团，使散团的数量达到了四个商毅决定将其的三个团合并成为商家军第五师，也派到江北，不过这个师的武器缺口很大，目前只能装配一个团，因此暂时只做为江北的后勤部队
同时在杭州继续扩招人马，征调民兵入伍，争取再成立三到四个团，如果达不到正式士兵的标准，就编成预备团，那怕还不能过江打仗，但也能留守浙江，保卫地方安全
而在海军方面，第二、三分舰队进入长江，暂时驻守在南京的金川门外，防止清军过江，并随时沿岸支援第一分分舰队驻守长江口，在必要的时候，可以沿海岸袭击清军的后方其佘二支分舰队仍然驻守在杭州湾待命
这时亚莉桑德拉也从海上回来，得知了这段时间里在江北、浙江、南京发生的一糸列事情之后，又是鲜又是奇怪，同时也后悔，这么有趣的事情，居然没有让自己赶上不过她一回来就马上有活干了，商毅把外籍雇佣兵团和西班牙步兵雇佣兵团合并，都交给她指挥，这次也要跟自己一起过江作战，这两支外籍雇佣兵团相加，大约有一千五百多人他们归降商毅已后，其本没有参加什么大战，而这一次也都清楚，是打大仗的时候了，因此也一个个擦拳摩掌，准备大显身手
这一次迎战清军，商毅一共调动了三个师、一个骑兵旅、一个侦察团和外籍雇佣兵团过江参战，共计出动的兵力达到四万三千多人，这也是商家军成立之后，一次最大兵力的会战了
同时商毅也正式提出了商家军的四句口号：“驱逐清虏，恢复华，誓死报国，护境安民”
这四句口号也是商毅精心挑选的，前两句还是盗版了后世国父
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