商毅率领人马刚刚出发，连续收到五份吴甡发给自己的催促檄令，其中在第二天竟连续收到三份，都是叫他尽快赶到南京。
原来吴甡到达南京之后，得到得全是坏消息，浙江叛乱的范围越扩越大，不仅是绍兴府和杭州府、就连嘉兴府、湖州府、严州府、宁波府都以经失守，叛军以经攻占了围绕着杭州湾的所有地区。同时也在分兵两路,一路进攻广徳州，打通进攻南京的通道，另一路进攻苏州府，想彻底攻占长江以南的地区。
而且这时凤阳总督马士英也向南京告急，说河南永城的守将刘超叛乱，请求吴甡立刻调兵平乱。
永城属在河南省地界，在归徳府东南，与凤阳府的交界处，刘超的叛乱，将直接危胁到凤阳府的安危。凤阳府不仅是南京北面的门户，大明的中都，而且是老朱家的老家，可是明朝的龙兴之地，这里不仅有朱元璋父母的皇陵，还有朱元璋少年出身当和尚时的龙兴寺，对大明朝有十分特殊的意义。
在崇祯八年（1635年），凤阳就被农民军攻破过，当时整个凤阳城都被焚之一炉，农民军还将朱元璋父母的皇陵毀坏。结果不仅是凤阳巡抚杨一鹏、巡按吴振缨、守陵太监杨泽等大小官员共一十七人被杀，还累得崇祯下诏罪己。
这可都是前车之鉴，因此吴甡可不敢怠慢，立刻命黄得功带本部人马，立刻渡江，归马士英统领，平定永城之叛，同时又命刘良佐率军进驻河南真阳，保护黄得功的侧翼。但这一番安排也使吴甡手下的兵马减少大半，只能命马科率一万人马进驻广徳府，抵挡叛军的进攻，其余的人马守卫南京，再也无力去救援苏州了。因此也只能催促商毅快到南京。
虽然史可法建议，是否调先左良玉军来保卫南京，但被吴甡断然拒绝，一来是左良玉靠不住，二来他也清楚商毅和左良玉之间的过节，两人再弄到一块，万一又打起了怎么办呢？同时吴甡也坚信，只要商毅的人马一到，平定叛乱就易如反掌了。那怕暂时丢了苏州也不用怕。
史可法没有督师湖广的战斗，对吴甡这么看重商毅颇有些不以为然，但论公吴甡是督师南直隶，而史可法只是南京兵部尚书，从理论上来说，商毅、左良玉、黄得功、刘良佐、马科都受吴甡的节制，史可法管不着，而论私，吴甡比史可法大，过去还是史可法的上司，因此史可法也只能听之任之。
本来商毅是打算跟着船只缓缓而行，接到吴甡的催檄之后，也只好加快进度，因为想在浙江立足，在一开始还是要得到吴甡的支持，而且在浙江的局面也确实很
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