同时阿科尼亚和郭纳爵还有另一个任务，就是在穆陵关里迅速建立起一个初步的医疗系统来。并且要陪养一批军医，参与这次南下的作战。
尽管在后世，医学界对中医理论有很大的争议，但在古代，以中医理论为基础的中国医学水平在很长一段时间里，要远远高于西方，由其是中医基础的经络和阴阳五行系统，也使中医形成了相当成就的理论，并且在很早的时候，就出现了专职的医生和专业的治疗程续。而在西方十五世纪以前，医疗基本都是由教会来兼职，绝大多数治疗手段都是祷告和念经。
但到了十六世纪之后，西方的医学有了长足的进步，缩短了与中国的差距，在1543年，尼德兰人萨留斯完成了［论人体的构结］一书，同时期的西班牙人塞尔维特发现了心肺之间的血液小循环，使欧州医学开始朝着人体研究和血液循环理论的方向迈进，到了1628年，英国人哈维写成了［心血运动论］一书，系统的阐明了血液循环理论，从而开避了生理学和医学的新时代。
尽管在差不多同一时期，中国的李时珍也写出了一部伟大的医学著作［本草纲目］，但本质依然还是秉承的传统医学，沒有能够突破传统医学的极限，而欧州医学却以经突破了中世纪的限制，在逐步向近代、现代医学靠近。不过总体来说，在十七世纪中期时候，东西方的医学水平差不多还是在同一水平线上。
在古代，军队里的医疗技术水平很差，一方面是时代整体的医疗水平不高，另一方面也是因为高水平的医生者不愿从军。通过前几次与清军的战争，商毅就发现这个问题，伤病员的治愈率极低，一般只有百分之三十左右。而其实大多数士兵受得伤都不重，以这个时代的医学水平，只要有足够完善的医疗条件和受过专业训练的医疗人员，完全可以抢救许多士兵的生命。因为毎一个士兵都是经验丰富的老兵，能多救活一个，都是一笔宝贵的财产。
但现在商毅手下缺口最大的技术人员就是医生。因为越是在乱世，医生就越是吃香，由其是有能力有经验的大夫，到那里都能混得上好生活，不用像其他一般的百姓和工匠那样，非要在商毅的手底下才能混上饭吃。虽然目前商毅手底下到是有六十多个郎中，但绝大多数都是走街窜巷，卖什么大力丸、回春丹的蒙古大夫。真正有坐堂问诊水平的大夫，才只有两个人。但商毅目前急需要提高自己治下的医疗技术，因此暂时只能依靠传教士的力量。
不过在现阶段，商毅对军医的要求并不是要他们有多么高明的医术，只要能够处理最
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