正是在这种指导思想下，那么穆陵关周边的地区如果能移加以有效的利用，不仅会对淸军造成极大的麻烦，说不定还会起到出奇制胜的效果。因此商毅在训练士兵们山地丛林战术的同时，一面也派人去勘测山路，绘制详细的山地地图，了解那里能藏身，那里能储备，那里能用兵，那里能埋伏，那里是死路，那里能死里救活等等，做到心里有数。
而在这个时候，传教士阿科尼亚发挥了极大的作用。自从跟商毅一起到了穆陵关之后，由于现在世局不太平，因此洋和尚暂时放弃了北上进京的想法，留在穆陵关里。同时也利用自己擅长的医术，在穆陵关里充当一名医生，这一段时间里，也给不少人治过病，而中国农民对出家人都带有几敬意，而会医术的出家人，更是受人尊重。加上阿科尼亚为人和蔼，又不呆板，虽然是个洋和尚，也很快和居民们熟悉起来。
而阿科尼亚也趁机在居民中间传教，商毅虽然打算限制阿科尼亚的行为，但在这种非常时刻，有一个宗教人士的帮助，也有利于稳定居民的情绪。而且历史也证明，中国农民不会那么轻易就被上帝忽悠，因此也没有对阿科尼亚加以阻拦。
同时阿科尼亚不禁精通西式绘画技术，而且也懂地图绘制，因此也帮着商毅，勘测地形，丈量尺寸，绘制了一份穆陵关一带方圆数十里的详细地图。