这时从兖州城里杀出的官军以经杀入流寇的前营，而现在的流寇都己无心恋战下去，因此根本就抵挡不住官军的进攻，被杀得一直退到了后营的地方。
而这时的后营更是一片混乱，流寇的士兵夹杂着家属，几个首领也不知去向，因此跟本就组织不起有效的抵抗。更何况这时流寇的心里以经散乱，完全没有了斗志，谁都没有再战下去的心情。同时商毅也率领着穆陵军的人马，从黑暗中再度杀出。
于是在官军的前后夹击之下，流寇军很快就溃败了下去，被官军杀得四散奔逃，官军终于取得了一场完美的胜利。
不过流寇的主力虽然溃败了，但局部和零星的战斗一直沿续到天明卯时以后才基本结束。而后营的火势，一直持序到下午也渐渐息灭。由于流寇们基本就是一触即溃，而且在黑暗中，官军也难以追赶，因此在战后的统计：这一战只不过斩首六千余人，其中还有相当一部份是流寇的家属，也被计算进来充数。另外还生擒了近千余人。
同时因为流寇的后营被烧，绝大部份粮草和物资都被烧毁，因此官军所得的战利品也并不多，只收获到一些武器、盔甲，而且大多数都是次等品，劣质品。这样的器械，装配精良的穆陵军基本都不会看上一眼。不过对其他的官军来说，不要钱都是好东西，省得自己以后花钱买或制造。
另外到是还收获到一万五千两白银，而这些白银，有一小半是从死人身上趴拉下来的，另一部份却是在火烧之后的废虚中找到的。当然官军们自已也私藏了不少。
穆陵军并沒有参于战后的分脏行动，一方面商毅认为这趟兖州之行弄到了一百多支火枪，还有一队火枪兵，这个收获就很不错了。现在他的目光又盯上了那三门佛郎机炮，打算在返回的时候，把这三门炮也卷走，那可就真是不虚此行了。而士兵们都相信，回到穆陵关之后，商毅一定会论功行赏，毎个人都会得到一笔奖励，因此也没有必要从死人身上去找东西。这玩意多不吉利啊！
不过在最后的统计中，许可变、王国宁、马进忠、李养纯等几个大的流寇头领却一个也没有找到。原来这几个人不愧是老流寇，经验十分丰富，一见大势不对，就立刻各自带着一部份亲随人员逃走。
等到天亮之后，众人才各自收集残部，又陆陆续续凑了一些人马。不过人虽然聚集了一些，粮食物资却极度缺乏，同时几名头领也为下一步的计划发生了分岐，结果许可变带领着自己的人马脱离大部队，返回中原，投靠了李自成。
王国宁和马进
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