当然辽东战事的结束，并不意味着大中朝的军队便可以马放南山、卸甲归田了，大中朝也并未因此便可以就此高枕无忧。
北方亡了一个建奴，但是并不代表着就彻底安定下来，建奴的覆灭，短时间之内也造成了辽东势力的一个真空期，被建奴欺压了几十年的蒙古诸部，在这个时候也开始蠢蠢欲动，开始试图将触角伸入到辽东之地。
对此肖天健和内阁大臣们也很快便有所察觉，随即在天元六年初，肖天健便下了一道谕旨，在辽东成立辽东行省，暂时负责管理辽东之地，蒙古诸部非得到许可，不得擅自进入辽东之地放牧，同时肖天健采纳了内阁的意见，以襄助朝廷剿灭建奴有功的理由，大封积极参战的蒙古诸部以各种官职。
当然在敕封这些蒙古诸部的同时，大中朝也刻意的压低一些大部落的地位，并且没有明确给这些部落划分他们的领地，说白了就是采取了二桃杀三士的办法，让这些蒙古诸部之间因为地盘和官爵的差异，相互之间产生猜忌和仇视。
这种计谋对于汉人来说，根本就是小菜一碟，但是又不得不说，这种办法却是一个行之有效的办法。
当然对于那些在此次辽东之战之中，一些左右摇摆，抑或是坚决的站在了建奴一边的几个蒙古部落，肖天健也没有忘记他们，一手拉一手打，让蒙古诸部明白，今后谁要是再跟朝廷为敌，也会落得这样的下场。
故此在辽东之战刚一结束，他便下旨令蒙古诸部对这几个部落进行讨伐，并且明令必将其灭族，凡是参与对其征讨的诸部，可以瓜分他们的族人充为奴隶，并且可以瓜分他们所拥有的草场，水源，作为战利品。
时之此时的蒙古诸部，内部早已是四分五裂，不过这些蒙古诸部有一个基本的认知，那即是现如今的中原王朝大中朝，已非当年的大明王朝那么软弱可欺，与之相对抗，只能是死路一条，在这两年之中，他们许多部落配合大中军进剿建奴期间，也都见识过了大中军的厉害，故此对于大中朝，现在他们兴不起一点对抗的念头。
除了这些政策之外，肖天健还着令蒙古诸部，将他们部族之中最好的骑兵送至辽东和西北军区服役，并且抽选诸部之中的少年进入到讲武堂抑或是太学院进行培养，目的只有一个，便是通过这些手段，培养蒙古诸部的这些中坚力量国家意识感，久而久之，待到这些人都认同了国家这个概念之后，蒙古诸部一些人再想搞什么分裂独立，于中央对抗，便会失去支持。
另外为了逐步加强对于蒙古草原的控
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