通过各种途径，朝着北方转运。
为了减少陆路运输消耗过大的问题，此次南方各地物资的北运，大中朝还是决定以水路运输为主，而这一次支撑北伐作战的运输主力，已经不是天元元年时候主要依靠运河漕运运输了，现如今随着郑家集团的投降之后，大中朝又倾尽力量打造海上力量，并且鼓励私人建造海船，也取消了大明朝对于海船建造不能超出双桅四百料的限制，让民间有钱人和造船工匠们可以放开手脚想造多大的船就造多大的船。
于是这短短两年时间，沿海各地以及各大江河上早已衰落的造船业便再次开始复兴了起来，一个个民间的造船厂开始兴建了起来，一旦民间力量爆发出来，是相当可怕的，所以这两年来各地下水的船只数量越来越多，本来比较平静的海面上，这个时候再一次开始出现的点点帆影。
运河上的漕船虽然可以提供比较强的运输能力，但是比起海运来说，却差的远了，所以这一次南方朝北方转运作战物资的主力，便换成了海船，大批物资在各地装船之后走海路，沿着海岸线北上，承担了这次北伐的运输主力。
为了筹备这次大规模的军事行动，兵部指定运河终端的通州为运河漕运的物资集结点，而因为海路运输此次为主，所以干脆肖天健便着令将山海关作为一个海运物资的下货集结点，反正后世的秦皇岛港，本来就是北方著名的天然不冻港，这个时代因为小冰川时代的原因，虽然冬季渤海海面会结冰，但是二月之后，海冰便已经开始融化，不会再影响到船只行驶和进出港口了。
故此肖天健下旨，令驻守在山海关的大中军主导，永平府征调当地民壮迅速的在山海关选择地点建立码头和大量的栈桥，以供随后而到的大批海船停靠卸货，并且在山海关内建立一个庞大的物资储备点，接受囤积北运的各种作战用物资。
同时在胶东的威海卫和登州两地，也成为了两处接受物资的重要储备地和军队的集结地。
而承担这些运输的船只，大中朝也没有都让海军来负责，而是开放给民间的民船，来帮助朝廷进行运输，而不是采取的强迫征用的手段，凡是承担这些货物运输的民船，都可以获取到朝廷开出的运费，确保他们利益不会因此受损，民间的船东自然对此拍手称贺，踊跃参与这种运输。
故此二月之后，大批物资便开始通过运河的漕船和大批海船开始源源不断的朝着北方行去，而且驻在南京的近卫军也奉命开拔，在镇江、扬州、南京等地登船，直接乘坐漕船北上，如此一来，不但减少了
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