矛盾，这是一场博弈，而肖天健无疑便是这场文武之间的博弈的裁决者。
对此肖天健考虑再三，多次和内阁以及兵部方面进行商量，但是最终肖天健还是下旨，对各地军队进行一次大规模的整编，但是对于裁撤兵马数量，采取了分批裁撤的方式，在本年度也就是天元三年之内，各路兵马现行整编裁撤两成兵马，将军中一些老弱兵将先行裁撤，令其卸甲归田。
当然这次裁军也并非简单的将这些兵将遣散回家务农便拉倒了，对于裁撤兵将，肖天健要求给予厚待，特别是对那些有功的将士，更要给予厚抚，根据其军阶不同，给予数量不等的遣散费。
另外这些兵将遣散之后，要返回原籍进行安置，各地官府要妥善对其进行安排，绝不容许出现让兵将们一回家便立即陷入到饿肚子的境地之中。
好在中国经过这次大变之后，原来各地被大明皇亲国戚以及一些勋戚权贵大量兼并的土地，现如今已经基本上都被收归了国有，这些土地除了可以安排原来大批的失地流民之外，还有不少的剩余，故此撤编遣散兵将返回原籍之后，可按照朝廷的要求，每人可根据田地的厚薄不同，获取到数量不等的田地，作为他们今后养家糊口的基础，而且朝廷对于这些遣散回乡的兵将，还给予免征两年的特殊优待，尽可能的减少这些兵将们返乡之后所产生出的不稳定因素。
另外大中军之中，还有一大批情况比较特殊的人员，那就是这些年来俘获的敌军，因为担心这些俘虏一旦遣散马上变成流匪，所以这些俘虏们也多被编列为辅兵随军看管听用。
对于这一批俘虏，自然不可能像大中军兵将那样得到厚待，但是就地遣散也不是办法，肖天健便提出了一个建立建设兵团的想法，将这批俘虏调至一些边境地区，准其将家人也带上，一起前往这些偏远之地进行编管屯耕。
北方因为天灾战祸的原因，原来边境地区很多地方重新变成了荒芜之地，对于土地的利用率远没有后世那样的见缝插针般的密集，所以还有大量的荒地可供屯耕，可是既然是偏远之地，生存条件肯定要相对恶劣一些，普通的民众是不愿意轻易便去这些地方落户的，唯有通过强力政策，先将一些俘虏送到这些地方安置，带到这些偏远之地各种生存条件改善之后，方能推出各种优惠政策，吸引内地百姓移民，这个办法也是对偏远地区开发的一个不错的办法。
肖天健提出这个想法之后，立即便得到了文武两方的支持，于是在天元三年下半年的时候，大中军便开始了正式的裁军。
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