将永历朝给灭掉，也不是太可能的事情，对于严重依赖火器的大中军来说，想要在南方雨季之中继续大规模的行动，这样会造成大中军大量的伤亡，所以暂时停止行动，也是无奈的事情。
于是在进入六月底之后，南方持续了三个月时间的军事行动暂时停止了下来，战事情况又一次进入到了僵持阶段。
而肖天健在这个期间，也在南京迎来了一个很重要的“客人”，五月间西北军将他们俘虏的李自成，从陕西押送到了南京城中。
随行一起前来的还有投顺肖天健的田见秀，田见秀在抓住了李自成之后，便将李自成交给了大中军，阎重喜本来的意思是干脆就地就在汉中府，将李自成给杀了拉倒，省的李自成的余党再想办法营救他。
但是这件事阎重喜没有敢私自做决定，而是派人请示了肖天健，肖天健回复的圣旨是将李自成押赴南京受审，所以这一来一回便耽搁了不少时间，阎重喜在得到了圣旨之后，这才将李自成从西安府起运，押赴到了南京，等到了南京的时候，便已经是五月间的事情了。
李自成的被俘，使得他搭建起来的草台子大顺政权彻底瓦解，作为这个时代的一个枭雄，肖天健不知出于什么想法，想要最终见一下这个枭雄，这才在他的旨意下，促成了将李自成押赴到南京城受审。
田见秀也是随同押送人员一同抵达的南京城，对此肖天健亲自在宫中召见了田见秀，并且封田见秀为汉中侯，并且依照当初对李自成的悬赏，如约对其赏银万两，令其在兵部行走，让田见秀大为感激，连连谢恩，这样的赏赐，对于田见秀来说，已经是他最初没有敢想的事情，可见的肖天健对田见秀是相当的礼遇了，至于在兵部行走，虽然不算是什么实权的差事，但是田见秀也知道，他这个作为投奔过来的人，是无法和那些跟着肖天健打天下的军将们相比的，能捞取到这样的好处，对他来说已经足够了，而且只要他以后好好办差，也不见得没有出头之日，于是田见秀千恩万谢之后，退出了皇宫。
李自成入南京之后，便被押入了大中朝刑部大牢之中，被严密的看管了起来，按照大中朝时下的制度，李自成将会被移交到大理寺进行审判。
李自成身负沉重的脚镣枯坐于牢房之中，关押他的牢房条件并没有像他起初想象的那么阴森可怖，而且这一路上行来，除了没有自由之外，沿途押送他的那些大中军兵将也没有刻意的虐待于他，正常的吃喝基本上保证了他的需要，即便是到了南京城，也没有让他坐囚车带枷游街示众，而是低
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