为没有能挡住张献忠入川，被朝廷给抓起来逮问，邵捷春自知无法逃过一刀，便在狱中仰药而死！但是在这个时代，邵捷春也算是彻底尽忠到底了，被李栓柱抓住之后，大骂不降，最终被李栓柱一怒之下砍去了脑袋。
至此四川基本上便被大中军控制了大半，接下来李栓柱便开始逐步的对四川北部进行清剿，逐步的将一座座州府县城给攻克下来，至天元元年十月间的时候，李栓柱基本上已经将四川全境给大部收入了囊中。
至于大明镇东将军秦良玉，在重庆府兵败之后，便带领残部撤回了石柱老家，对于她这些土家人，李栓柱也按照肖天健的意见，对其采取怀柔政策，不发兵侵入他们生活的领地之中，并代表大中朝，承认他们的地位，并且派人为其送去了大中朝新颁发给秦良玉的告身，继续任命秦良玉为土司，并且保留大明给予她的封号，一切待遇从旧。
秦良玉对大明很是忠诚，拒绝接受大中朝给予她的告身，但是考虑到族人之后的生存，而且她也了解了大中军的可怕，所以在重庆府被破之后，她也没有继续再率兵出战，和大中军为敌，两方就这么暂时互不侵犯，使得四川境内的土家人渐渐的安抚了下去。
对于秦良玉这个大明朝著名的女将军女英雄，肖天健给予她了极大的尊重，重庆之战之后，打扫战场的时候，李栓柱奉旨对于战死战伤的白杆兵也给予了优待，伤者给予妥善的照料和救治，死者则收殓其尸体，派人让其家人前来收尸运回家中安葬，并且为其提供棺材和通行上的便利，这些举措都使得土家人没有了继续和大中朝为敌的欲望，也没有人想跟着大明朝一起殉葬了，虽然秦良玉对大明忠心耿耿，但是重庆一战大败之后，她麾下的白杆兵损失惨重，族中大部分人不愿意再跟刑天军为敌，而她在返回老家之后，也生了一场大病，故此替大明讨伐刑天军之事，也就不了了之了。